Cómo utilizar (3 pasos)
- Selecciona un ejemplo o ingresa secuencias de cebadores (adelante/inversa).
- Ajusta el método y las condiciones (Na+, concentración de cebador) si es necesario.
- Se muestran Tm y la guía de temperatura de recocido (Ta).
Tm y Ta son guías. Las condiciones finales dependen de la calidad de los reactivos, el instrumento y la plantilla; optimice con gradiente PCR si es necesario.
Entradas (secuencias de cebadores)
Resultados (guía Tm/Ta)
| Imprimación | tm | Longitud | %GC |
|---|---|---|---|
| Adelante | — | — | — |
| revertir | — | — | — |
Comparación de métodos (referencia)
| Imprimación | Vecino más cercano | ajustado en sal | wallace |
|---|
El vecino más cercano no se aplica cuando están presentes bases IUPAC (N/R/Y, etc.).
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Cómo se calcula
- Recomendado (vecino más cercano): suma la termodinámica de dinucleótidos (ΔH/ΔS) y aplica corrección de Na+ y concentración de cebador.
- Básico (ajustado en sal): estima Tm a partir de GC%, longitud y Na+.
- Muy sencillo (Wallace): estimación aproximada de los recuentos de A/T y G/C (mejor para oligos cortos).
- Ta (guía): Tm inferior menos compensación (predeterminado 3°C), más un rango sugerido (Ta ± 3°C).
Si están presentes bases IUPAC (N/R/Y, etc.), no se aplica el vecino más cercano y se usa un método simple.
Preguntas frecuentes
¿Qué es Tm (temperatura de fusión)?
Tm es la temperatura a la que se desnaturaliza aproximadamente la mitad de un dúplex DNA. Depende de la longitud, el % de GC y las condiciones de sal.
¿Cómo debo elegir la temperatura de recocido?
Esta herramienta muestra Ta (Tm inferior menos compensación) como guía. Optimiza con PCR en gradiente cuando sea necesario.
¿Por qué hay múltiples fórmulas?
Diferentes fórmulas parten de distintos supuestos. El vecino más cercano es más detallado; las fórmulas simples y Wallace son estimaciones rápidas.
¿La concentración de sal afecta la Tm?
Sí. Una mayor cantidad de sal normalmente estabiliza los dúplex y aumenta la Tm.
¿Qué pasa si las Tm de avance/retroceso difieren mucho?
Un ΔTm grande sugiere un rango de temperatura más amplio (gradiente PCR) o un rediseño de los cebadores.
¿Mis secuencias se envían a alguna parte?
No. Todos los cálculos se ejecutan en tu navegador y no se envían datos.
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Comentarios
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