Como usar (3 passos)
- Selecione um exemplo ou insira sequências de primers (Forward/Reverse).
- Ajuste o método e as condições (Na+, concentração de primer), se necessário.
- Tm e o guia de temperatura de recozimento (Ta) são mostrados.
Tm e Ta são guias. As condições finais dependem da qualidade dos reagentes, do instrumento e do modelo; otimize com gradiente PCR se necessário.
Entradas (sequências de primers)
Resultados (guia Tm / Ta)
| Cartilha | Tm | Comprimento | GC% |
|---|---|---|---|
| Avançar | — | — | — |
| Reverso | — | — | — |
Comparação de métodos (referência)
| Cartilha | Vizinho mais próximo | Ajustado por sal | Wallace |
|---|
O vizinho mais próximo não é aplicado quando as bases IUPAC (N/R/Y, etc.) estão presentes.
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Como é calculado
- Recomendado (vizinho mais próximo): soma a termodinâmica do dinucleotídeo (ΔH/ΔS) e aplica correção de Na+ e concentração de primer.
- Básico (ajustado ao sal): estima Tm a partir de GC%, comprimento e Na+.
- Muito simples (Wallace): estimativa aproximada das contagens A/T e G/C (melhor para oligos curtos).
- Ta (guia): Tm inferior menos deslocamento (padrão 3°C), mais uma faixa sugerida (Ta ± 3°C).
Se as bases IUPAC (N/R/Y, etc.) estiverem presentes, o vizinho mais próximo não é aplicado e um método simples é usado.
Perguntas frequentes
O que é Tm (temperatura de fusão)?
Tm é a temperatura na qual aproximadamente metade de um duplex DNA é desnaturado. Depende do comprimento, GC% e condições de sal.
Como devo escolher a temperatura de recozimento?
Esta ferramenta mostra Ta (Tm inferior menos deslocamento) como guia. Otimize com gradiente PCR quando necessário.
Por que existem múltiplas fórmulas?
Fórmulas diferentes fazem suposições diferentes. O vizinho mais próximo é mais detalhado; fórmulas simples e Wallace são estimativas rápidas.
A concentração de sal afeta a Tm?
Sim. Sal mais alto normalmente estabiliza duplexes e aumenta Tm.
E se o Tm Avanço/Reverso diferir muito?
Um grande ΔTm sugere uma faixa de temperatura mais ampla (gradiente PCR) ou redesenhar os primers.
Minhas sequências são enviadas para algum lugar?
Não. Todos os cálculos são executados no seu navegador e nenhum dado é enviado.
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Comentários
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