Cómo utilizar (3 pasos)
- Selecciona un ejemplo o ingresa el tamaño objetivo (tamaño del genoma/región objetivo total).
- Ingresa el recuento de lecturas (PE/SE) o el rendimiento total (Gb).
- Aparece una profundidad media. Ajusta los factores o usa el cálculo inverso si es necesario.
Esta es una estimación. La cobertura real no es uniforme y varía según los duplicados, el sesgo de GC, el diseño y el análisis. Verifica con las distribuciones de cobertura de control de calidad.
Entradas
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Tamaño objetivo
WGS utiliza el tamaño del genoma; Exome/Panel utiliza el tamaño objetivo total (pb).
Ejemplos: 3,2 Gb (WGS humano aproximadamente) / 50 Mb (exoma humano aproximadamente)
Modo de entrada
Factores (0–1)
Puede mantener los valores predeterminados para obtener una estimación aproximada.
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Opciones
≥k× es una guía basada en Poisson que supone una cobertura aleatoria uniforme. Los datos reales varían (a gran profundidad, se puede usar una aproximación normal).
Resultados (profundidad media)
Cálculos intermedios (sin procesar → utilizable → mapeado → en el objetivo → único)
| paso | bases (unidades automáticas) |
|---|
≥k× proporción (guía)
| umbral | P(profundidad ≥ k) |
|---|
Guía basada en Poisson con profundidad media λ (no definitiva por cobertura no uniforme).
Cómo se calcula
- Calcula raw_bases a partir de recuentos de lecturas (PE/SE) o rendimiento total (Gb).
- Aplique tasas utilizables, cartográficas, en el objetivo y duplicadas (1 duplicado) para estimar bases únicas en el objetivo.
- Profundidad promedio = Unique_on_target_bases / target_size.
- ≥k× se puede mostrar como una guía basada en Poisson.
La profundidad media es útil, pero la uniformidad es algo aparte. Confirmar con control de calidad de distribución de cobertura.
Preguntas frecuentes
¿Cuántas lecturas se necesitan para 30 × WGS?
Depende del tamaño del objetivo, la duración de la lectura y los factores (tasa de mapeo, etc.). Usa el cálculo inverso para tus condiciones.
¿Cuál es la tasa objetivo?
Una fracción aproximada de lecturas utilizables que llegan a la región de destino (varía según el kit y las condiciones).
Si la profundidad promedio es la misma, ¿todas las regiones tienen la misma profundidad?
No. El promedio es solo un promedio y la cobertura real varía. Usa esto como guía.
¿Es exacta la proporción ≥k×?
Es una guía basada en Poisson que asume una cobertura aleatoria uniforme. Los datos reales varían.
Herramientas relacionadas
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Comentarios
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