कैसे उपयोग करें (3 चरण)
- एक उदाहरण चुनें या लक्ष्य आकार दर्ज करें.
- रीड संख्या (PE/SE) या कुल उपज (GB) दर्ज करें.
- औसत गहराई तुरंत दिखेगी. जरूरत हो तो factor बदलें या inverse calculation करें.
यह एक अनुमान है. वास्तविक कवरेज समान नहीं होती. duplicate, GC bias, design और analysis के साथ यह बदलती है. QC कवरेज वितरण से जाँच करें.
इनपुट
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लक्ष्य का आकार
WGS जीनोम आकार का उपयोग करता है; एक्सोम/पैनल कुल लक्ष्य आकार (बीपी) का उपयोग करता है।
उदाहरण: 3.2 जीबी (मानव डब्लूजीएस लगभग) / 50 एमबी (मानव एक्सोम लगभग)
इनपुट मोड
कारक (0-1)
आप मोटे अनुमान के लिए डिफ़ॉल्ट रख सकते हैं.
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विकल्प
≥k× एक Poisson-आधारित मार्गदर्शिका है जो समान यादृच्छिक कवरेज मानती है। वास्तविक डेटा भिन्न होता है (उच्च गहराई पर, सामान्य सन्निकटन का उपयोग किया जा सकता है)।
परिणाम (औसत गहराई)
मध्यवर्ती गणना (कच्चा → प्रयोग करने योग्य → मैप किया गया → लक्ष्य पर → अद्वितीय)
| कदम | आधार (ऑटो इकाइयां) |
|---|
≥k× अनुपात (गाइड)
| दहलीज | पी(गहराई ≥ के) |
|---|
माध्य गहराई λ के साथ Poisson पर आधारित गाइड (गैर-समान कवरेज के कारण निश्चित नहीं)।
इसकी गणना कैसे की जाती है
- रीड काउंट या कुल उपज से raw bases निकालें.
- usable, mapping, on-target और duplicate rate लागू करके unique on-target bases का अनुमान लें.
- औसत गहराई = unique on-target bases / target size.
- ≥k× को Poisson-आधारित guide के रूप में दिखाया जा सकता है.
औसत गहराई उपयोगी है, लेकिन uniformity अलग हो सकती है. कवरेज distribution QC से पुष्टि करें.
सामान्य प्रश्न
30× WGS के लिए कितने रीड्स की आवश्यकता है?
यह target size, read length और factor पर निर्भर करता है. अपनी स्थिति के लिए inverse calculation उपयोग करें.
ऑन-टार्गेट दर क्या है?
यह usable reads का वह हिस्सा है जो target region पर map करता है. kit और condition के अनुसार मान बदलता है.
यदि औसत गहराई समान है, तो क्या प्रत्येक क्षेत्र की गहराई समान है?
नहीं. औसत केवल average है. वास्तविक कवरेज अलग-अलग होती है, इसलिए इसे guide मानें.
क्या ≥k× अनुपात सटीक है?
यह Poisson-आधारित guide है जो समान random coverage मानती है. वास्तविक डेटा भिन्न होता है.
संबंधित उपकरण
- DNA/RNA सांद्रता ↔ mol ↔ प्रतिलिपि संख्या
library तैयारी और मान रूपांतरण के लिए.
- qPCR मानक वक्र कैलकुलेटर
standard → curve → inverse workflow के लिए.
टिप्पणियाँ
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