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貝塔多樣性計算機:比較樣本

使用 Jaccard(存在/不存在)或 Bray–Curtis(丰度)將樣本間差異(β 多樣性)計算為距離矩陣。貼上 OTU/ASV 表或匯入 CSV,然後使用熱圖和 PCoA (2D) 探索結果。

本頁僅供教育與研究輔助用途,不能取代正式實驗設計、統計審查、臨床判讀或安全規範。

所有計算都在您的瀏覽器中執行;資料未發送。

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使用方法(3步)

  1. 選擇一個範例,或貼上 OTU/ASV 表(或匯入 CSV/TSV 檔案)。
  2. 選擇一個指標(Jaccard / Bray–Curtis)和預處理(相對丰度等)。
  3. 查看距離矩陣、熱圖和 PCoA(如果需要,匯出 CSV/PNG)。

Beta 多樣性對於探索和可視化很有用,但統計結論需要額外的分析(測試或建模)。

輸入

度量和預處理

如果樣本深度不同,請嘗試“相對丰度”。

樣本組(可選:PCoA 中的色點)

兩列:樣本、組(標題是可選的)。

結果

該工具用於探索和學習。它並不聲稱具有統計學意義。

分享和匯出

分享 URL 僅恢復設定(不包括輸入資料)。要儲存輸入,請使用 JSON 匯出。

距離矩陣

熱圖

PCoA (2D)

Jaccard VS 佈雷-柯蒂斯

Bray-Curtis 可能會受到定序深度(樣本深度)的影響。如果需要,比較計數和相對丰度。

方程(參考)
  • Jaccard 距離: d = 1 - |A∩B| / |A∪B|
  • 佈雷-柯蒂斯差異: d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)

這裡,A 和 B 是觀察到的特徵集,xᵢ/yᵢ 是特徵值(相對丰度或計數)。軸方向是任意的,因此翻轉 PCoA 圖不會改變含義。

常見問題

什麼是貝塔多樣性?

一種將不同樣本之間的差異描述為距離(相異性)的方法。越小意味著越相似;越大意味著越不同。

Jaccard 和佈雷-柯蒂斯之間有什麼區別?

Jaccard 僅比較存在/不存在。佈雷-柯蒂斯還使用丰度(計數或相對丰度)。

什麼是PCoA?

一種基於距離矩陣(主座標分析)以二維方式放置樣本的方法。軸方向是任意的,因此翻轉不會改變含義。

我可以僅憑這個結果就斷言統計顯著性嗎?

不會。 Beta 多樣性對於探索和可視化很有用,但統計測試需要額外的分析。

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