使用方法(3步)
- 選擇一個範例,或貼上 OTU/ASV 表(或匯入 CSV/TSV 檔案)。
- 選擇一個指標(Jaccard / Bray–Curtis)和預處理(相對丰度等)。
- 查看距離矩陣、熱圖和 PCoA(如果需要,匯出 CSV/PNG)。
Beta 多樣性對於探索和可視化很有用,但統計結論需要額外的分析(測試或建模)。
輸入
—
度量和預處理
如果樣本深度不同,請嘗試“相對丰度”。
樣本組(可選:PCoA 中的色點)
兩列:樣本、組(標題是可選的)。
結果
該工具用於探索和學習。它並不聲稱具有統計學意義。
—
分享和匯出
分享 URL 僅恢復設定(不包括輸入資料)。要儲存輸入,請使用 JSON 匯出。
距離矩陣
熱圖
PCoA (2D)
Jaccard VS 佈雷-柯蒂斯
- Jaccard 僅比較存在/不存在。
- 佈雷-柯蒂斯 還使用丰度(計數或相對丰度)。
Bray-Curtis 可能會受到定序深度(樣本深度)的影響。如果需要,比較計數和相對丰度。
方程(參考)
- Jaccard 距離:
d = 1 - |A∩B| / |A∪B| - 佈雷-柯蒂斯差異:
d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)
這裡,A 和 B 是觀察到的特徵集,xᵢ/yᵢ 是特徵值(相對丰度或計數)。軸方向是任意的,因此翻轉 PCoA 圖不會改變含義。
常見問題
什麼是貝塔多樣性?
一種將不同樣本之間的差異描述為距離(相異性)的方法。越小意味著越相似;越大意味著越不同。
Jaccard 和佈雷-柯蒂斯之間有什麼區別?
Jaccard 僅比較存在/不存在。佈雷-柯蒂斯還使用丰度(計數或相對丰度)。
什麼是PCoA?
一種基於距離矩陣(主座標分析)以二維方式放置樣本的方法。軸方向是任意的,因此翻轉不會改變含義。
我可以僅憑這個結果就斷言統計顯著性嗎?
不會。 Beta 多樣性對於探索和可視化很有用,但統計測試需要額外的分析。
相關工具
- 首先檢查樣本內多樣性(α 多樣性)→ 多樣性指數計算器 (Shannon / Simpson)
- 建立對人口規模和漂移的直覺 → 遺傳漂變模擬器 (Wright–Fisher)
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