कैसे उपयोग करें (3 चरण)
- एक उदाहरण चुनें या प्राइमर अनुक्रम दर्ज करें (आगे/पीछे)।
- यदि आवश्यक हो तो विधि और शर्तों (Na+, प्राइमर सांद्रता) को समायोजित करें।
- टीएम और एनीलिंग तापमान गाइड (टीए) दिखाए गए हैं।
टीएम और टीए मार्गदर्शक हैं। अंतिम स्थितियाँ अभिकर्मकों, उपकरण और टेम्पलेट गुणवत्ता पर निर्भर करती हैं; यदि आवश्यक हो तो ग्रेडिएंट PCR के साथ अनुकूलित करें।
इनपुट (प्राइमर अनुक्रम)
परिणाम (टीएम/टीए गाइड)
| प्राइमर | टीएम | लंबाई | जीसी% |
|---|---|---|---|
| आगे | — | — | — |
| उलटा | — | — | — |
विधि तुलना (संदर्भ)
| प्राइमर | निकटतम-पड़ोसी | नमक-समायोजित | वालेस |
|---|
IUPAC आधार (N/R/Y, आदि) मौजूद होने पर निकटतम-पड़ोसी लागू नहीं किया जाता है।
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इसकी गणना कैसे की जाती है
- अनुशंसित (निकटतम-पड़ोसी): डाइन्यूक्लियोटाइड थर्मोडायनामिक्स (ΔH/ΔS) का योग करता है और Na+ सुधार और प्राइमर एकाग्रता लागू करता है।
- बुनियादी (नमक-समायोजित): GC%, लंबाई और Na+ से Tm का अनुमान लगाता है।
- बहुत सरल (वालेस): ए/टी और जी/सी गणना से मोटा अनुमान (छोटे ओलिगो के लिए सर्वोत्तम)।
- टा (गाइड): कम टीएम माइनस ऑफसेट (डिफ़ॉल्ट 3°C), प्लस एक सुझाई गई सीमा (Ta ± 3°C)।
यदि IUPAC आधार (N/R/Y, आदि) मौजूद हैं, तो निकटतम-पड़ोसी लागू नहीं किया जाता है और एक सरल विधि का उपयोग किया जाता है।
सामान्य प्रश्न
टीएम (पिघलने का तापमान) क्या है?
Tm वह तापमान है जिस पर DNA डुप्लेक्स का लगभग आधा हिस्सा विकृत हो जाता है। यह लंबाई, जीसी% और नमक की स्थिति पर निर्भर करता है।
मुझे एनीलिंग तापमान कैसे चुनना चाहिए?
यह टूल एक गाइड के रूप में टा (निचला टीएम माइनस ऑफसेट) दिखाता है। आवश्यकता पड़ने पर ग्रेडिएंट PCR के साथ अनुकूलन करें।
एकाधिक सूत्र क्यों हैं?
अलग-अलग सूत्र अलग-अलग धारणाएँ बनाते हैं। निकटतम-पड़ोसी अधिक विस्तृत है; सरल सूत्र और वालेस त्वरित अनुमान हैं।
क्या नमक की सघनता टीएम को प्रभावित करती है?
हाँ. उच्च नमक आम तौर पर डुप्लेक्स को स्थिर करता है और टीएम बढ़ाता है।
यदि फॉरवर्ड/रिवर्स टीएम में बहुत अंतर हो तो क्या होगा?
एक बड़ा ΔTm एक व्यापक तापमान रेंज (ग्रेडिएंट PCR) या प्राइमर को फिर से डिज़ाइन करने का सुझाव देता है।
क्या मेरे अनुक्रम कहीं भेजे गए हैं?
नहीं, सभी गणनाएँ आपके ब्राउज़र में चलती हैं और कोई डेटा नहीं भेजा जाता है।
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