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जैवरसायन वक्र फिटिंग

Kd कैलकुलेटर: बाइंडिंग कर्व फ़िट (एक साइट / Hill)

बाइंडिंग डेटा से Kd (पृथक्करण स्थिरांक) का अनुमान लगाएं। एक साइट (मानक) या Hill (सहयोगात्मकता) फिट करें, मॉडलों की तुलना करें (AICc), माध्य±SD और अवशिष्ट दिखाएं, और यदि आवश्यक हो तो आउटलेर्स को बाहर करें।

सभी गणनाएँ आपके ब्राउज़र में चलती हैं; डेटा नहीं भेजा गया है.

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उदाहरण (पूर्व निर्धारित)

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विवरण
—
कैसे उपयोग करें (3 चरण)
  1. एकाग्रता और प्रतिक्रिया चिपकाएँ (समर्थित कॉलम दोहराएँ) या एक CSV/TSV फ़ाइल आयात करें।
  2. मॉडल (ऑटो/वन साइट/Hill) और इकाइयों का चयन करें।
  3. Kd, फिटेड कर्व और फिट मेट्रिक्स दिखाए गए हैं।

यह एक विश्लेषण उपकरण है. विभिन्न सॉफ़्टवेयर में मॉडल परिभाषाएँ भिन्न हो सकती हैं, इसलिए अपने वर्कफ़्लो में प्रयुक्त समीकरण और Kd परिभाषा (50% बिंदु) की जाँच करें।

इनपुट (पेस्ट / CSV)

प्रारूप: कॉलम 1 = एकाग्रता, कॉलम 2+ = प्रतिक्रिया (रेप1, रेप2,…)। TSV/CSV समर्थित.

बिंदु बहिष्करण (वैकल्पिक)
बहिष्कृत/पुनर्स्थापित करने के लिए प्लॉट पर बिंदुओं पर क्लिक करें (पूर्ववत उपलब्ध)
बहिष्कृत
—
क्रियाएँ

सेटिंग्स (न्यूनतम आवश्यक)

उन्नत (वैकल्पिक)

यदि आप 0 सांद्रता शामिल करते हैं, तो इसे लॉग10 अक्ष पर नहीं खींचा जा सकता है। जरूरत पड़ने पर टूल डिस्प्ले को स्विच कर देता है (उदाहरण के लिए, सिम्लॉग)।

परिणाम

Kd (50% अंक)
—
पीकेडी (एम)
—
मॉडल—
अंक—
आर²—
आरएमएसई—
एआईसी / AICc / बीआईसी— / — / —
बीमैक्स (ऊपर-नीचे)—
Hill n (केवल Hill)—
मॉडल तुलना (ऑटो)—

भूखंड

बहिष्कृत/पुनर्स्थापित करने के लिए बिंदुओं पर क्लिक करें (पूर्ववत उपलब्ध)

तालिका (मतलब±एसडी, पूर्वानुमानित, अवशेष)

एकाग्रता मतलब एस.डी y_hat निवास बहिष्कृत

पैरामीटर्स

वस्तु अनुमान 95% सीआई (सक्षम होने पर)

95% सीआई एक सन्निकटन (रैखिकीकरण) है। जब आपके पास कुछ बिंदु या आउटलेयर हों तो उस पर अधिक भरोसा न करें।

एक साइट / Hill और Kd (50% अंक)

यह उपकरण एक-साइट (मानक) या Hill (सहयोगात्मकता) मॉडल का उपयोग करके एक बाइंडिंग वक्र को फिट करता है और ऊपर और नीचे (50% बिंदु) के बीच मध्यबिंदु के अनुरूप एकाग्रता को Kd के रूप में रिपोर्ट करता है।

फिटिंग लेवेनबर्ग-मार्क्वार्ड (नॉनलाइनियर न्यूनतम वर्ग) का उपयोग करती है। एसडी वेटिंग सक्षम होने पर, प्रत्येक बिंदु को 1/एसडी द्वारा भारित किया जाता है2.

समीकरण (संदर्भ)

यहाँ, एकाग्रता x ≥ 0 है.

  • एक साइट (लैंगमुइर): y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)(n>0)

इस परिभाषा के साथ, x = Kd 50% बिंदु (ऊपर और नीचे के बीच का मध्यबिंदु) से मेल खाता है।

यदि आप 0 एकाग्रता (नियंत्रण) शामिल करते हैं, तो 0 को लॉग 10 अक्ष पर नहीं खींचा जा सकता है, इसलिए उपकरण डिस्प्ले को समायोजित करता है (उदाहरण के लिए, सिम्लॉग)।

सामान्य प्रश्न

Kd (पृथक्करण स्थिरांक) क्या है?
इस उपकरण में, Kd को बाइंडिंग वक्र के 50% बिंदु (ऊपर और नीचे के बीच का मध्य बिंदु) के अनुरूप एकाग्रता के रूप में परिभाषित किया गया है। छोटे Kd को अक्सर उच्च संबंध के रूप में समझा जाता है।
एक साइट और Hill के बीच क्या अंतर है?
एक साइट सहकारिता के बिना मानक संतृप्त बंधन मानती है। Hill मॉडल सहकारिता को पकड़ सकता है और तब उपयोगी होता है जब Hill गुणांक n 1 से विचलित हो जाता है।
ऑटो मॉडल चयन कैसे काम करता है?
टूल एक साइट और Hill दोनों में फिट बैठता है और AICc जैसे मेट्रिक्स की तुलना करता है। यदि अंतर छोटा है, तो सरल एक-साइट मॉडल को प्राथमिकता देना अक्सर सुरक्षित होता है (परिणामों में दिखाया गया है)।
क्या मैं शून्य सांद्रता (नियंत्रण) शामिल कर सकता हूँ?
हाँ। फिट इसे संभाल सकता है, लेकिन 0 को लॉग एक्स-अक्ष पर नहीं खींचा जा सकता है, इसलिए जरूरत पड़ने पर टूल डिस्प्ले को समायोजित करता है (उदाहरण के लिए, सिम्लॉग)।
प्रतिकृतियों को कैसे संभाला जाता है?
डिफ़ॉल्ट रूप से, फिट प्रत्येक एकाग्रता पर माध्य का उपयोग करता है। SD का उपयोग त्रुटि पट्टियों के लिए किया जाता है, और आप वैकल्पिक रूप से 1/SD² तक अंक भारित कर सकते हैं।
मेरा Hill गुणांक अत्यधिक है। क्या वह ठीक है?
यह तब अस्थिर हो सकता है जब आपके पास कुछ बिंदु, एक संकीर्ण एकाग्रता सीमा, या आउटलेयर हों। बिंदुओं को बाहर करने, सीमा का विस्तार करने, या बाधाओं का उपयोग करने पर विचार करें।
पीकेडी की गणना कैसे की जाती है?
यदि आपकी x इकाई को मोलर (M) में बदला जा सकता है, तो pKd = -log10(Kd[M])। द्रव्यमान सांद्रता इकाइयों (उदाहरण के लिए, एनजी/एमएल) के लिए, यदि आणविक भार ज्ञात हो तो आप परिवर्तित कर सकते हैं।