← Biologi

Biokimia Pencocokan kurva

Kalkulator Kd: pencocokan kurva pengikatan (satu situs / Hill)

Perkirakan Kd (konstanta disosiasi) dari data pengikatan. Cocokkan model satu situs (standar) atau Hill (kooperatif), bandingkan model (AICc), tampilkan rata-rata±SD dan residu, lalu kecualikan outlier bila diperlukan.

Semua penghitungan dijalankan di browser Anda; data tidak terkirim.

Bahasa lain 日本語 | English | 简体中文 | 繁體中文 | 繁體中文（香港） | Español | Português (Brasil) | Bahasa Indonesia | Français | हिन्दी | العربية

Contoh (yang telah ditetapkan)

Pilih contoh untuk mengisi masukan dan segera melihat hasilnya.

Deskripsi
—
Cara menggunakan (3 langkah)
  1. Tempel konsentrasi dan respons (mendukung kolom replika) atau impor file CSV/TSV.
  2. Pilih model (otomatis/satu situs/Hill) dan unit.
  3. Kd, kurva hasil pencocokan, dan metrik pencocokan ditampilkan.

Ini adalah alat analisis. Definisi model dapat berbeda antar perangkat lunak, jadi periksa persamaan dan definisi Kd (titik 50%) yang digunakan dalam alur kerja Anda.

Masukan (tempel / CSV)

Format: kolom 1 = konsentrasi, kolom 2+ = respon (rep1, rep2,…). TSV/CSV didukung.

Pengecualian titik (opsional)
Klik titik pada plot untuk dikecualikan/dipulihkan (Urungkan tersedia)
Dikecualikan
—
Tindakan

Pengaturan (minimal diperlukan)

Lanjutan (opsional)

Jika Anda memasukkan 0 konsentrasi, konsentrasi tersebut tidak dapat digambar pada sumbu log10. Alat ini mengalihkan tampilan (misalnya, symlog) bila diperlukan.

Hasil

Kd (titik 50%)
—
pKd (M)
—
Model—
Poin—
R²—
RMSE—
AIC / AICc / BIC— / — / —
Bmax (Atas−Bawah)—
Hill n (hanya Hill)—
Perbandingan model (otomatis)—

Plot

Klik poin untuk dikecualikan/dipulihkan (Urungkan tersedia)

Tabel (rata-rata±SD, prediksi, residu)

Konsentrasi rata-rata SD y_hat residu Dikecualikan

Parameter

Parameter Perkiraan 95% CI (bila diaktifkan)

CI 95% adalah perkiraan (linearisasi). Jangan terlalu mengandalkannya ketika titik data sedikit atau ada outlier.

Satu situs / Hill dan Kd (titik 50%)

Alat ini mencocokkan kurva pengikatan menggunakan model satu situs (standar) atau Hill (kooperatif) dan melaporkan konsentrasi yang sesuai dengan titik tengah antara atas dan bawah (titik 50%) sebagai Kd.

Pencocokan menggunakan Levenberg-Marquardt (kuadrat terkecil nonlinier). Dengan pembobotan SD diaktifkan, setiap poin diberi bobot sebesar 1/SD2.

Persamaan (referensi)

Di sini, konsentrasi x adalah ≥ 0.

  • satu situs (Langmuir): y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n) (n>0)

Dengan definisi ini, x = Kd sesuai dengan titik 50% (titik tengah antara atas dan bawah).

Jika Anda menyertakan 0 konsentrasi (kontrol), 0 tidak dapat digambar pada sumbu log10, sehingga alat akan menyesuaikan tampilan (misalnya, symlog).

Pertanyaan umum

Apa itu Kd (konstanta disosiasi)?
Dalam alat ini, Kd didefinisikan sebagai konsentrasi yang sesuai dengan titik 50% dari kurva pengikatan (titik tengah antara atas dan bawah). Kd yang lebih kecil sering diartikan sebagai afinitas yang lebih tinggi.
Apa perbedaan antara satu situs dan Hill?
Satu situs mengasumsikan pengikatan standar yang dapat jenuh tanpa kooperativitas. Model Hill dapat menangkap kooperativitas dan berguna ketika koefisien Hill n menyimpang dari 1.
Bagaimana cara kerja pemilihan model otomatis?
Alat ini mencocokkan model satu situs dan Hill, lalu membandingkan metrik seperti AICc. Jika perbedaannya kecil, memilih model satu situs yang lebih sederhana sering kali lebih aman (ditunjukkan pada hasil).
Bisakah saya memasukkan konsentrasi nol (kontrol)?
Ya. Pencocokan dapat menanganinya, tetapi 0 tidak dapat digambar pada sumbu log x, sehingga alat menyesuaikan tampilan (misalnya, symlog) bila diperlukan.
Bagaimana cara menangani replika?
Secara default, pencocokan menggunakan rata-rata pada setiap konsentrasi. SD digunakan untuk bilah galat, dan Anda dapat memberi bobot opsional sebesar 1/SD².
Koefisien Hill saya ekstrim. Apakah itu oke?
Ini bisa menjadi tidak stabil jika Anda memiliki sedikit titik, rentang konsentrasi yang sempit, atau outlier. Pertimbangkan untuk mengecualikan poin, memperluas jangkauan, atau menggunakan batasan.
Bagaimana cara menghitung pKd?
Jika satuan x Anda dapat diubah menjadi molar (M), pKd = -log10(Kd[M]). Untuk satuan konsentrasi massa (misalnya ng/mL), Anda dapat mengonversinya jika berat molekul diketahui.