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Bioquímica Ajuste de curvas

Calculadora Kd: ajuste de curva de unión (un sitio / Hill)

Calcula Kd (constante de disociación) a partir de datos de unión. Ajusta un sitio (estándar) o Hill (cooperatividad), compara modelos (AICc), muestra la media ± DE y los residuos, y excluye los valores atípicos si es necesario.

Todos los cálculos se ejecutan en tu navegador; los datos no se envían.

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Ejemplo (preestablecido)

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Descripción
—
Cómo utilizar (3 pasos)
  1. Pega la concentración y la respuesta (se admiten réplicas de columnas) o importa un archivo CSV/TSV.
  2. Selecciona el modelo (automático/un sitio/Hill) y las unidades.
  3. Se muestran Kd, la curva ajustada y las métricas de ajuste.

Esta es una herramienta de análisis. Las definiciones de los modelos pueden diferir según el software, así que comprueba la ecuación y la definición Kd (50 % de puntos) usada en tu flujo de trabajo.

Entrada (pegar / CSV)

Formato: col 1 = concentración, col 2+ = respuesta (rep1, rep2,…). TSV/CSV compatible.

Exclusión de puntos (opcional)
Haz clic en los puntos del gráfico para excluir/restaurar (Deshacer disponible)
excluido
—
Acciones

Configuraciones (mínima necesaria)

Avanzado (opcional)

Si incluye concentración 0, no se puede dibujar en un eje log10. La herramienta cambia la visualización (por ejemplo, symlog) cuando es necesario.

Resultados

Kd (50% punto)
—
pKd (M)
—
modelo—
Puntos—
R²—
RMSE—
AIC/AICc/BIC— / — / —
Bmax (arriba-abajo)—
Hill n (solo Hill)—
Comparación de modelos (automática)—

Gráficas

Haz clic en puntos para excluir/restaurar (Deshacer disponible)

Tabla (media ± DE, prevista, residuales)

Concentración Media SD Predicho Residual Excluido

Parámetros

Parámetro Estimación IC del 95% (cuando está habilitado)

El IC del 95% es una aproximación (linealización). No confíes demasiado en él cuando tengas pocos puntos o valores atípicos.

Un sitio / Hill y Kd (50% punto)

Esta herramienta ajusta una curva de unión utilizando un modelo de un sitio (estándar) o Hill (cooperatividad) e informa la concentración correspondiente al punto medio entre la parte superior y la inferior (el punto del 50%) como Kd.

El ajuste utiliza Levenberg-Marquardt (mínimos cuadrados no lineales). Con la ponderación SD habilitada, cada punto se pondera en 1/SD2.

Ecuaciones (referencia)

Aquí la concentración x es ≥ 0.

  • un sitio (Langmuir): y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)(n>0)

Con esta definición, x = Kd corresponde al punto 50% (punto medio entre arriba y abajo).

Si incluye concentración 0 (control), 0 no se puede dibujar en un eje log10, por lo que la herramienta ajusta la visualización (por ejemplo, symlog).

Preguntas frecuentes

¿Qué es Kd (constante de disociación)?
En esta herramienta, Kd se define como la concentración correspondiente al punto del 50% de la curva de unión (punto medio entre la parte superior e inferior). Un Kd más pequeño a menudo se interpreta como una mayor afinidad.
¿Cuál es la diferencia entre un sitio y Hill?
Un sitio supone una unión saturable estándar sin cooperatividad. El modelo Hill puede capturar la cooperatividad y es útil cuando el coeficiente n Hill se desvía de 1.
¿Cómo funciona la selección automática de modelo?
La herramienta se adapta tanto a un sitio como a Hill y compara métricas como AICc. Si la diferencia es pequeña, preferir el modelo más simple de un solo sitio suele ser más seguro (como se muestra en los resultados).
¿Puedo incluir una concentración cero (control)?
Sí. El ajuste puede manejarlo, pero 0 no se puede dibujar en un eje log x, por lo que la herramienta ajusta la visualización (por ejemplo, symlog) cuando es necesario.
¿Cómo se manejan las réplicas?
De forma predeterminada, el ajuste utiliza la media en cada concentración. SD se usa para barras de error y, opcionalmente, puede ponderar puntos en 1/SD².
Mi coeficiente Hill es extremo. ¿Está bien?
Puede volverse inestable cuando tienes pocos puntos, un rango de concentración estrecho o valores atípicos. Considera excluir puntos, ampliar el rango o usar restricciones.
¿Cómo se calcula la pKd?
Si tu unidad x se puede convertir a molar (M), pKd = -log10(Kd[M]). Para unidades de concentración de masa (p. ej., ng/mL), puedes realizar la conversión si conoces el peso molecular.
¿Qué debo verificar antes de reportar Kd?
Comprueba que la respuesta se acerque tanto a la línea base como a la saturación, que el punto medio esté cubierto por las concentraciones medidas, que los residuos no muestren un patrón claro y que el modelo elegido no esté sobreajustando un conjunto de datos pequeño.