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biología molecular Clonación

DNA Calculadora de mezcla de ensamblaje (Gibson / Golden Gate)

Calcule la masa y el volumen DNA requeridos a partir de las relaciones molares de columna vertebral/inserto para Gibson o Golden Gate. Si se proporcionan concentraciones, se calculan los volúmenes y el agua restante para la reacción total.

Todos los cálculos se ejecutan en su navegador. No se envían datos.

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Cómo utilizar (3 pasos)

  1. Seleccione un ejemplo o ingrese la longitud del fragmento (pb) y la concentración (ng/μL) para la columna vertebral y las inserciones.
  2. Elija la relación molar (por ejemplo, insertos 2×) y la cantidad de columna vertebral (pmol o ng).
  3. Aparecerán la masa requerida (ng) y el volumen (μL), además de una receta (mezcla maestra/reactivos y agua restante).

Esta es una calculadora de cantidades. Las condiciones recomendadas varían según el kit y el protocolo, así que siga su protocolo. Los ajustes preestablecidos de reactivos Golden Gate son ejemplos únicamente para cálculo.

Entradas (tabla de fragmentos)

—

Las proporciones molares reflejan el número de moléculas. Diferentes longitudes significan diferentes recuentos de moléculas con la misma masa.
Detalles (peso molecular por pb)
Utilice 660 g/mol/pb como valor aproximado para dsDNA.
Nombre Rol Longitud (pb) Concentración (ng/μL) Acciones
Pegar TSV (opcional)

Pegar desde Excel/Hojas (separado por tabulaciones).

Resultados

Agua restante (μL)
—
Volumen total DNA (μL)
—
Masa total DNA (ng)
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2× mezcla maestra volumen (μL)
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Fragmento Rol Longitud (pb) Objetivo (pmol) Masa (ng) Volumen (μL) Nota

Esta herramienta calcula importes únicamente. No garantiza el éxito.

Como se calcula

  1. Como una aproximación de dsDNA, pmol = (masa_ng × 1000) / (pb × 660).
  2. Establezca la cantidad de la red principal (pmol para Gibson, ng para Golden Gate) y calcule el pmol de la red principal.
  3. Cada objetivo de inserción es insert_target_pmol = backbone_pmol × relación, luego convertido a masa (ng).
  4. Si se conoce la concentración (ng/μL), volumen = masa / conc. da volumen (μL).
  5. El agua restante se calcula a partir del volumen total de reacción menos la mezcla maestra/reactivos y el volumen DNA.

Los valores son guías. Siga su kit/protocolo para conocer las condiciones finales.

Preguntas frecuentes

¿Cuál es la diferencia entre Gibson y Golden Gate?
Ambos ensamblan fragmentos DNA, pero los mecanismos de reacción y las enzimas difieren. Esta herramienta calcula cuánto DNA mezclar.
¿Por qué utilizar proporciones molares?
Los fragmentos de diferentes longitudes tienen diferentes recuentos de moléculas con la misma masa. Las proporciones molares mantienen constante el recuento de moléculas.
¿Qué proporciones se utilizan comúnmente?
Como regla general, los insertos suelen ser 2× o 3× la columna vertebral. Depende del montaje y debe probarse.
¿Puedo usar esto sin valores de concentración?
Sí. Aún puedes calcular la masa requerida (ng). Los volúmenes (μL) se muestran solo cuando se proporcionan las concentraciones.
Mis volúmenes son extremadamente pequeños (por ejemplo, 0,1 µL).
Los volúmenes muy pequeños son propensos a errores. Considere diluciones intermedias o ajuste la cantidad de cadena principal y el volumen de reacción.
¿Puedo utilizar los ajustes preestablecidos de reactivos Golden Gate tal como están?
Los volúmenes de reactivo dependen del kit y del protocolo. Los ajustes preestablecidos son ejemplos sólo para cálculo; Sigue tu protocolo.
¿Estas cantidades garantizarán el éxito?
No. Esta herramienta sólo calcula importes. El éxito depende del diseño, la calidad DNA y las condiciones de reacción.