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遺伝学 χ²検定

ハーディ・ワインベルグ平衡(法則)計算:期待度数・χ²

観測されたAA/Aa/aaから、アレル頻度(p,q)、期待度数(p²,2pq,q²)、χ²とp値をまとめて計算します。観測と期待の差をグラフと表で確認できます。

計算はすべてブラウザ内で行われ、データは送信されません。

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例題(プリセット)

例題を選ぶと入力が埋まり、すぐに結果が出ます。

説明

入力

入力モード

観測値(AA/Aa/aa)

自由度(df)
上級(表示・グラフ)

貼り付け / CSV(任意)

TSV/CSVの貼り付けにも対応します(例:AA Aa aa)。貼り付けると入力欄に反映されます。

結果

N(総数)
p(A)
q(a)
MAF(参考)
χ²
df
p値
判定(表示用)
Hobs(観測ヘテロ)
Hexp(期待ヘテロ)
F(参考)

※ これは統計計算ツールで、医学的判断のためのものではありません。

グラフ

観測 vs 期待
残差

※ 残差は観測値モードのみ表示します(上級→「残差を表示」)。

テーブル(O/E/寄与)

genotype observed(O) expected(E) O−E (O−E)²/E residual

使い方・計算の考え方

  1. AA/Aa/aa を入力します(例題も使えます)。
  2. 自由度(既定はdf=1)と有意水準(表示用)を選びます。
  3. p,q、期待度数、χ²、p値が表示されます。

アレル頻度:p = (2·AA + Aa)/(2N), q = 1 − p

期待度数(HWE):E(AA)=p²N, E(Aa)=2pqN, E(aa)=q²N

χ²:Σ (O−E)²/E(AA, Aa, aa の合計)

期待度数が小さい場合、χ²検定の近似が粗くなることがあります。警告表示を確認して使ってください。

よくある質問(FAQ)

ハーディ・ワインベルグ平衡(HWE)とは何ですか?

2アレル(A/a)で、ある仮定のもとではアレル頻度p,qからgenotypeの頻度が p²(AA), 2pq(Aa), q²(aa)になる、という考え方です。

pとqはどう計算していますか?

観測されたAA/Aa/aaから、p = (2*AA + Aa)/(2N), q = 1 - p で計算します。

χ²検定の自由度(df)はなぜ1が多いのですか?

観測値からpを推定しているため、3分類(AA/Aa/aa)では一般に df=1 がよく使われます(上級としてdf=2も選べます)。

期待度数が小さいと警告が出ました。どうすればいいですか?

期待度数が小さいとχ²検定の近似が粗くなることがあります。サンプル数やレンジを見直すか、厳密検定(exact test)も検討してください(本ツールでは未実装です)。

p値が小さい=必ず平衡ではない、ですか?

p値は“ずれの大きさ”を示す一つの目安です。サンプル数、集団の前提、データの取り方などでも変わるため、結果だけで断定しないのがおすすめです。

メンデル分離比のχ²検定と何が違いますか?

どちらも観測と期待を比べる点は同じですが、HWEはアレル頻度p,qから期待度数を作る点が特徴です。用途に応じて使い分けてください。

このツールの計算は外部に送信されますか?

送信されません。計算はブラウザ内で完結します。