生物計算ツール

目的別クイック導線

PCR準備： プライマーTm → PCRマスターミックス

qPCR解析： qPCR標準曲線 → ΔCt/ΔΔCt（相対発現）

核酸→NGS準備： A260（濃度・純度） → DNA/RNA変換 → NGSライブラリー濃度（ng/µL→nM） → プーリング

クローニング： ライゲーション（モル比） → DNA組み立て（Gibson/Golden Gate）

細胞・感染： ヘモサイトメータ → 細胞播種（Seeding） → MOI

微生物： CFU/mL（希釈倍率・播種量）

多様性解析： 多様度指数（Shannon・Simpson） → β多様性（Jaccard/Bray-Curtis）

遺伝（学習）： Punnett Square → メンデル分離比χ² → ハーディ・ワインベルグ平衡 → Wright–Fisher

「→」は“次にやること”の意味です。迷ったら左から順に進めるとつながります。

アッセイ標準曲線

おすすめの順番： A260（濃度・純度） → タンパク質定量 または ELISA 標準曲線 → 線形回帰

ブランク補正、モデル選択、外挿、レポートへの書き方を整理したいときは アッセイ標準曲線ガイド を先に開いてください。

• タンパク質定量の検量線計算（BCA法 / Bradford法）
  BCA 法・Bradford 法の標準曲線を作り、線形 / 2次比較と未知試料の濃度推定までまとめて確認します。
• ELISA 標準曲線フィッター（4PL/5PL）
  ELISA の標準点から 4PL / 5PL を当てはめ、重み付けや回収率も見ながら未知試料濃度を求めます。
• アッセイ標準曲線ガイド
  計算の前後で、ブランク、モデル、レンジ外解釈、レポート観点を整理する入口です。

研究室の実務

おすすめの順番： ヘモサイトメータ → 細胞播種 → MOI

• ヘモサイトメータ計算機（cells/mL・生存率）
  ヘモサイトメータのカウントと希釈倍率から、細胞濃度（cells/mL）と生存率（%）を自動計算できる無料ツールです。例題・警告・結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• CFU/mL 計算機（希釈倍率・播種量）
  希釈倍率（10^-6など）、播種量（mL）、コロニー数からCFU/mLを自動計算できる無料ツールです。目安の範囲（30〜300）による自動採用と手動採用に対応し、希釈ごとのまとめやグラフ、CSV/LaTeX・共有URLも出力します。
• 遠心条件の換算（rpm ⇄ ×g/RCF）計算
  遠心機の回転数（rpm）と相対遠心力（×g/RCF）を、ローター半径から相互換算できる無料ツールです。半径の単位（mm/cm/in）、よく使う条件の一覧表、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• DNA/RNA 濃度↔モル↔コピー数 変換
  DNA/RNAの長さ（bp/nt）と核酸タイプから、ng/µL・nM・copies/µLを相互に変換できる無料ツールです。体積を入れれば総量（総ng/総copies）も計算でき、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• NGS カバレッジ計算機（平均深さの概算）
  ターゲットサイズと、リード数（PE/SE）または総データ量（Gb）から、平均カバレッジ（平均深さ）を概算できる無料ツールです。有効率・マッピング率・ターゲット内率・重複率も反映でき、目標深さに必要なデータ量の逆算や、≥k×の割合（ポアソン近似の目安）、共有URL・CSV/JSON出力にも対応します。
• NGSライブラリー濃度（ng/µL→nM）換算・希釈・プーリング計算
  NGSライブラリー濃度をng/µLと平均フラグメント長からnMに換算し、希釈やプーリング（等量/等モル混合）まで一括で計算できる無料ツールです。表入力・例題・結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• 細胞播種（Seeding）計算機
  目標 cells/well（または cells/cm²）と使用ウェル数、体積、細胞濃度から、必要な細胞液量と培地量を自動計算できる無料ツールです。1ウェルあたりの分注量、余裕分、生存率補正にも対応し、結果のコピー・CSV/LaTeX・共有URLを出力します。
• 感染多重度（MOI）計算：細胞数・タイター・添加量から算出
  細胞数・タイター（TU/PFU/IFUなど）・添加量からMOI（感染多重度）を計算できる無料ツールです。目標MOIから添加量/必要タイターの逆算、Poissonモデルによる感染率の目安、複数ウェル分の合計量（余裕分込み）にも対応します。
• ELISA 標準曲線フィッター（4PL/5PL）
  ELISAの標準点（濃度とODなど）から4PL/5PLをフィットし、未知試料の濃度を自動計算できる無料ツールです。重み付け、残差、バック計算（回収率）の確認や、共有URL・CSV/JSON出力にも対応します。

分子生物

PCR準備： プライマーTm → PCRマスターミックス

クローニング： ライゲーション → DNA組み立て

• A260 濃度・純度 計算機（A260/280・A260/230）
  A260/A280/A230と希釈倍率から、DNA/RNAの濃度（ng/µL・µg/mL）と純度比（A260/280・A260/230）を自動計算できる無料ツールです。体積を入れれば総量も確認でき、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• プライマー Tm 計算機（PCRのアニーリング温度の目安）
  プライマー配列（5'→3'）からTm（融解温度）を計算し、PCRのアニーリング温度の目安もまとめて確認できる無料ツールです。おすすめ（最近傍法）と簡易法の切替、Forward/Reverseのペア入力、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• PCR反応液（マスターミックス）計算：反応数・最終濃度・余裕分
  PCR/qPCRの反応体積・反応数と、ストック濃度/最終濃度から各試薬の必要量（µL）をマスターミックスとして自動計算できる無料ツールです。余裕分（%や+1反応）、96/384ウェル、手順文コピー、CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• ライゲーション計算：ベクター：インサートのモル比から必要量を出す
  ベクター量（ng）・サイズ（bp）・狙うモル比（例 1:3）から、ライゲーションに必要なインサート量（ng・µL）を自動計算できる無料ツールです。よく使う比率プリセット、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• DNA組み立て（Gibson / Golden Gate）混合量計算
  Gibson / Golden Gate のDNA組み立てで、BackboneとInsertのモル比から必要量（ng・µL）を自動計算し、反応総量に合わせた水（残量）や（例としての）試薬量もまとめて確認できる無料ツールです。例題・表入力・コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。

生化学

おすすめの順番： タンパク質定量（検量線） →（必要なら）Kd / IC50/EC50

• ミカエリス・メンテン式（Michaelis-Menten）フィッター（Km・Vmax）
  基質濃度[S]と初速度vから、ミカエリス・メンテン式を非線形フィットしてKm・Vmaxを推定できる無料ツールです。散布図+フィット曲線、残差、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• タンパク質定量の検量線計算（BCA法 / Bradford法）
  BCA法・Bradford法の標準（検量線）を作成し、未知サンプルのタンパク質濃度を推定できる無料ツールです。線形/2次回帰（自動比較AICc）、ブランク差し引き、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• 解離定数（Kd）計算：結合曲線のフィット（one site / Hill）
  結合（binding）データからKd（解離定数）を推定できる無料ツールです。one site / Hillフィット、自動モデル比較（AICc）、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• IC50/EC50 計算（濃度反応曲線のフィット：4PL/5PL）
  濃度反応データからIC50/EC50（50%点）を推定できる無料ツールです。4PL/5PLフィット、阻害/活性化の方向、ログ軸、リピート平均±SD、指標（R²・RMSE・AIC）、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。

遺伝学

おすすめの順番： Punnett Square → メンデル分離比χ² → ハーディ・ワインベルグ平衡 → Wright–Fisher

• Punnett Square 生成（1遺伝子・2遺伝子）
  親の遺伝子型（AA/Aa/aa、AaBbなど）からPunnett Square（プネット方眼）を自動生成し、子の遺伝子型の割合（%・比）をまとめて確認できる無料ツールです。Markdown表コピーやCSV/LaTeX、共有URLにも対応します。
• メンデル分離比 χ² 検定 計算機
  観測数と期待比（3:1、9:3:3:1など）から、χ²・自由度・p値を手順付きで計算できる無料ツールです。期待数や寄与、観測 vs 期待のグラフも表示し、CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。

生態・進化

おすすめの順番（多様性）： 多様度指数 → β多様性

おすすめの順番（成長）： 成長曲線 → 倍加時間 → ロジスティックのK（上限）

• 成長曲線フィッター（指数・ロジスティック）
  時間系列データから指数成長とロジスティック成長をフィットして比較し、成長率・倍加時間・飽和値Kを推定できる無料ツールです。残差やモデル比較も表示し、CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• 多様度指数 計算機（Shannon・Simpson）
  種（カテゴリ）のカウントから、多様度指数（Shannon・Simpson）を自動計算できる無料ツールです。Shannon（ln/log2/log10）と、Simpson（D・1−D・1/D）を併記して表示し、Hill numbersや均等度も参考として確認できます。例題・コピペ入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• β多様性の計算（Jaccard / Bray-Curtis）
  Jaccard（存在/非存在）とBray-Curtis（量）で、サンプル間の違い（β多様性）を距離行列として計算できる無料ツールです。OTU/ASV表の貼り付け・CSV取込、ヒートマップ、PCoA、CSV/JSON出力、共有URL、PNG保存にも対応します。
• 遺伝的浮動シミュレーター（Wright–Fisher）
  Wright–Fisherモデルで遺伝的浮動（ドリフト）をシミュレーションできる無料ツールです。N・p0・世代数・反復数から、軌跡・最終分布・固定/消失率を可視化し、共有URLやCSV/JSON出力にも対応します。

生物ツール一覧

• A260 濃度・純度 計算機（A260/280・A260/230）｜DNA/RNA対応｜CalcBE
  A260/A280/A230と希釈倍率から、DNA/RNAの濃度（ng/µL・µg/mL）と純度比（A260/280・A260/230）を自動計算。dsDNA/RNAの換算係数プリセット、体積から総量、ブランク補正（任意）、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応します。
• CFU/mL 計算機（希釈倍率・播種量）｜コロニー数から逆算｜CalcBE
  希釈倍率（10^-6など）、播種量（mL）、コロニー数からCFU/mLを自動計算。30〜300の目安による自動採用と手動採用に対応し、希釈ごとのまとめ、グラフ、手順ログ、CSV/LaTeX・共有URLも出力します。
• DNA/RNA 変換（ng/µL↔nM↔コピー数）計算機｜長さから換算｜CalcBE
  DNA/RNAの長さ（bp/nt）と核酸タイプから、質量濃度（ng/µL）、モル濃度（nM）、コピー数濃度（copies/µL）を相互変換。分子量の近似係数を表示し、体積を入れれば総ng/総copiesも計算。結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応。
• DNA組み立て計算（Gibson/Golden Gate）｜混合量を自動計算｜CalcBE
  Gibson/Golden GateのDNA組み立てで、BackboneとInsertのモル比から必要量（ng・µL）を自動計算します。濃度が分かる場合は体積まで算出し、反応総量に合わせて水（残量）も計算。例題・表入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• ELISA 標準曲線フィッター（4PL/5PL）｜ODから濃度を計算｜CalcBE
  ELISAの標準点（濃度とODなど）から4PL/5PLをフィットし、未知試料の濃度を自動計算します。重み付け（1/y・1/y²）、残差・バック計算（回収率）、共有URL、CSV/JSON出力に対応。ブラウザ内で完結します。
• IC50/EC50 計算（4PL/5PLフィット）｜濃度反応曲線｜CalcBE
  濃度と反応データを貼り付けるだけで、IC50/EC50（50%点）を4PL/5PLで推定します。阻害/活性化の比較やスクリーニングに。インストール不要・ブラウザ完結。
• Kd（解離定数）計算｜結合曲線フィット（1サイト / ヒルモデル）｜CalcBE
  結合（binding）データからKd（解離定数）を推定します。1サイト / ヒルモデル（協同性）フィット、自動モデル比較（AICc）、リピート平均±SD、残差、指標（R²・RMSE・AICc）、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URL、グラフPNGに対応。※解析ツールです（ブラウザで完結）。
• MOI（感染多重度）計算｜細胞数・タイター・添加量から算出｜CalcBE
  細胞数・タイター（TU/PFU/IFUなど）・添加量からMOI（感染多重度）を計算します。目標MOIから添加量/必要タイターの逆算、ポアソンモデルによる感染率の目安、複数ウェル分の合計量（余裕分込み）にも対応。結果コピー・CSV/JSON・共有URL対応（ブラウザで完結）。
• NGS カバレッジ計算機（平均深さの概算）｜必要リード数も逆算｜CalcBE
  NGSの平均カバレッジ（平均深さ）を概算する無料ツール。ターゲットサイズと、リード数（PE/SE）または総データ量（Gb）から深さを計算し、有効率・マッピング率・ターゲット内率・重複率も反映できます。目標深さに必要なリード数/Gbの逆算、≥k×の割合（ポアソン近似の目安）、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応。
• NGSライブラリー濃度をnM換算（ng/µL→nM）｜希釈・プーリング｜CalcBE
  NGSライブラリーの濃度をng/µLと平均フラグメント長からnMに換算し、目標nMへの希釈（ノーマライゼーション）とプーリング（等量/等モル）まで一括で計算します。表入力・例題・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※目安ツールです（ブラウザで完結）。
• PCR マスターミックス計算機｜反応数・濃度・余裕分を一括｜CalcBE
  PCR/qPCRの反応体積・反応数と、ストック濃度/最終濃度から、各試薬の必要量（µL）をマスターミックスとして自動計算します。余裕分（%や+1反応）、96/384ウェル、手順文コピー、CSV/JSON、共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• Punnett Square 生成（1遺伝子・2遺伝子）｜分離比を自動計算｜CalcBE
  親の遺伝子型（AA/Aa/aa、AaBbなど）からPunnett Squareを自動生成し、遺伝子型の割合（%/比）や、完全優性を仮定した表現型比（目安）も表示します。例題・Markdown表コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応。
• qPCR 標準曲線 計算機（効率・R²・未知量）｜CalcBE
  標準試料の量とCtからqPCR標準曲線を作成し、傾き・切片・R²・PCR効率（%）を計算。未知Ctから量を逆算し、残差図と95%帯、手順ログ、CSV/LaTeX、共有URLに対応。
• アッセイ標準曲線ガイド | ブランク補正・フィット選択・レポート整理 | CalcBE
  タンパク質定量と ELISA の標準曲線について、ブランク補正、フィット選択、レンジ外解釈、レポートに残す項目をまとめて整理します。
• タンパク質定量の検量線計算（BCA法 / ブラッドフォード法）｜標準曲線｜CalcBE
  BCA法・ブラッドフォード法の標準（検量線）を作成し、未知サンプルのタンパク質濃度を推定します。線形/2次回帰（自動比較AICc）、ブランク差し引き、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URL、グラフPNGに対応。※計算はブラウザで完結します。
• プライマー Tm 計算機｜PCRのアニーリング温度の目安｜CalcBE
  DNAプライマー配列（5'→3'）からTm（融解温度）を計算し、アニーリング温度の目安も表示します。おすすめ（最近傍法）と簡易法の切替、Na+・プライマー濃度設定、Forward/Reverseのペア入力、結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※目安ツールです（ブラウザで完結）。
• ヘモサイトメータ計算機（cells/mL・生存率）｜Trypan Blue対応｜CalcBE
  ヘモサイトメータのカウントと希釈倍率から、細胞濃度（cells/mL）と生存率（%）を自動計算。改良ノイバウアー（10^4係数）に対応し、例題・警告・結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLも提供します。
• ミカエリス・メンテン式（Michaelis-Menten）フィッター（Km・Vmax）｜非線形フィット対応｜CalcBE
  基質濃度[S]と初速度vから、ミカエリス・メンテン式を非線形フィットしてKm・Vmaxを推定。散布図+フィット曲線、残差、R²/RMSE（目安）を表示し、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• メンデル分離比 χ²検定 計算機｜3:1・9:3:3:1対応｜CalcBE
  観測数と期待比（3:1、9:3:3:1など）から、χ²・自由度・p値を自動計算。期待数とカテゴリ別の寄与、観測vs期待のグラフ、手順ログ、CSV/LaTeX・共有URLにも対応。
• ライゲーション計算｜ベクター：インサートのモル比で必要量を算出｜CalcBE
  ベクター量（ng）とサイズ（bp）、狙うモル比（例1:3）から、ライゲーションに必要なインサート量（ng・µL）を自動計算します。よく使う比率プリセット、結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• 遺伝的浮動シミュレーター（ライト・フィッシャーモデル）｜アレル頻度のドリフト｜CalcBE
  ライト・フィッシャーモデルで遺伝的浮動（ドリフト）をシミュレーション。N・初期頻度p0・世代数・反復数から、軌跡・最終分布・固定/消失率を可視化します。選択・突然変異・移入（詳細モード）や共有URL、CSV/JSON出力にも対応。
• 遠心条件換算（rpm⇄×g/RCF）計算｜半径から自動換算｜CalcBE
  遠心機の回転数rpmと相対遠心力×g（RCF）を、ローター半径（mm/cm/in）から相互換算します。よく使う条件の一覧表、結果コピー、CSV/JSON、共有URLに対応。※半径の定義で値は変わります（ブラウザで完結）。
• 細胞播種（Seeding）計算機｜cells/well→必要量を逆算｜CalcBE
  目標cells/well（またはcells/cm²）、使用ウェル数、体積、細胞濃度から、必要な細胞液量と培地量を自動計算。1ウェルあたりの分注量、余裕分、生存率補正にも対応し、結果のコピー・CSV/LaTeX・共有URLを出力します。
• 成長曲線フィッター（指数・ロジスティック）｜倍加時間・K推定｜CalcBE
  時間系列データから指数成長とロジスティック成長をフィットし、成長率r・倍加時間・飽和値Kを推定。実測点とフィット曲線、残差、モデル比較（RMSE/AIC）を表示し、CSV/LaTeX、共有URLに対応。
• 多様度指数 計算機（シャノン・シンプソン）｜生態・微生物の多様性を計算｜CalcBE
  種（カテゴリ）のカウントから、多様度指数（シャノン・シンプソン）を自動計算。シャノン（ln/log2/log10）、シンプソン（D・1−D・1/D）を併記して混乱を防ぎ、ヒル数（q=0/1/2）や均等度（Pielou J）も参考表示できます。例題・コピペ入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。
• β多様性の計算（Jaccard / Bray-Curtis）｜距離行列・PCoA｜CalcBE
  Jaccard（存在/非存在）とBray-Curtis（量）で、サンプル間の違い（β多様性）を計算します。OTU/ASV表の貼り付け・CSV取込に対応し、距離行列の表/ヒートマップ、PCoA（2D）、グループ色分け、CSV/JSON出力、共有URL、PNG保存までまとめて使えます。※計算はブラウザで完結します。