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la génétique test χ²

Calcul de l'équilibre (loi) de Hardy-Weinberg : fréquence attendue/χ²

À partir des AA/Aa/aa observés, la fréquence allélique (p, q), la fréquence attendue (p², 2pq, q²), χ² et la valeur p sont calculées collectivement. Vous pouvez vérifier la différence entre les observations et les attentes dans des graphiques et des tableaux.

Tous les calculs sont effectués dans le navigateur et aucune donnée n'est envoyée.

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Exemple (préréglé)

Une fois que vous avez sélectionné un exemple, l'entrée sera renseignée et les résultats apparaîtront immédiatement.

Descriptif

entrée

mode de saisie

Valeur observée (AA/Aa/aa)

Degrés de liberté (df)
Avancé (affichage/graphique)

Coller / CSV (facultatif)

Il prend également en charge le collage de TSV/CSV (par ex.AA Aa aa). Une fois collé, il sera reflété dans le champ de saisie.

résultat

N (nombre total)
p(UNE)
q(une)
MAF (référence)
χ²
df
valeur p
Jugement (pour affichage)
Plaques de cuisson (observation hétéro)
Hexp (hétéro attendu)
F (référence)

*Il s'agit d'un outil de calcul statistique et n'est pas destiné à un jugement médical.

graphique

Observation vs attente
résiduel

*Les résidus sont affichés uniquement en mode valeur observée (Avancé → "Afficher les résidus").

Tableau (O/E/Contribution)

génotype observé(O) attendu (E) O-E (O−E)²/E résiduel

Comment utiliser/calculer

  1. Saisissez AA/Aa/aa (vous pouvez également utiliser l'exemple).
  2. Sélectionnez les degrés de liberté (la valeur par défaut est df=1) et le niveau de signification (pour l'affichage).
  3. p,q, fréquence attendue, χ², valeur p sont affichés.

fréquence allélique:p = (2·AA + Aa)/(2N), q = 1 − p

Fréquence attendue (HWE):E(AA)=p²N, E(Aa)=2pqN, E(aa)=q²N

χ²: Σ (O−E)²/E (somme de AA, Aa, aa)

Si les fréquences attendues sont petites, le test χ² peut donner une mauvaise approximation. Veuillez vérifier l'affichage d'avertissement avant utilisation.

Choisissez le mode d'entrée selon les données que vous avez déjà

Le choix `df=1` convient au cas courant où p est estimé à partir du même échantillon. Réservez `df=2` aux situations avancées où p est fixé indépendamment.

Questions fréquemment posées (FAQ)

Qu'est-ce que l'équilibre de Hardy-Weinberg (HWE) ?

Avec deux allèles (A et a), l'équilibre de Hardy-Weinberg relie les fréquences alléliques p et q aux fréquences génotypiques attendues p² (AA), 2pq (Aa) et q² (aa), tant que les hypothèses du modèle restent plausibles.

Comment calcule-t-on p et q ?

À partir des AA/Aa/aa observés, calculez p = (2*AA + Aa)/(2N), q = 1 - p.

Pourquoi le degré de liberté (df) du test χ² est-il souvent égal à 1 ?

Lorsque p est estimé à partir du même échantillon observé, df=1 est généralement le bon choix pour des effectifs AA/Aa/aa. Utilisez df=2 seulement dans les cas avancés où p est fixé séparément.

Que faire si un avertissement apparaît parce qu'un effectif attendu est faible ?

Si les effectifs attendus sont faibles, χ² devient une approximation plus fragile. Vérifiez la taille d'échantillon, l'équilibre des classes, puis envisagez un test exact si votre protocole l'exige.

Petite valeur p = pas nécessairement d'équilibre, n'est-ce pas ?

La valeur p mesure l'ampleur de l'écart au regard du modèle. Elle ne suffit pas à elle seule: l'interprétation dépend aussi de la taille d'échantillon, de la structure de population, des hypothèses et de la qualité des données.

Quelle est la différence avec le test χ² pour le rapport de séparation mendélien ?

Les deux tests comparent des effectifs observés et attendus, mais HWE construit les attentes à partir de p et q estimés dans le même échantillon. Utilisez le test mendélien lorsque les attentes viennent d'un modèle d'hérédité défini à l'avance.

Les calculs de cet outil sont-ils envoyés en externe ?

Non. Les calculs sont réalisés localement dans le navigateur.