कैसे उपयोग करें (3 चरण)
- एक उदाहरण चुनें या लक्ष्य आकार (जीनोम आकार/कुल लक्ष्य क्षेत्र) दर्ज करें।
- पढ़ने की संख्या (पीई/एसई) या कुल उपज (जीबी) दर्ज करें।
- औसत गहराई प्रकट होती है. यदि आवश्यक हो तो कारकों को समायोजित करें या व्युत्क्रम गणना का उपयोग करें।
यह एक अनुमान है. वास्तविक कवरेज एक समान नहीं है और डुप्लिकेट, जीसी पूर्वाग्रह, डिज़ाइन और विश्लेषण के साथ भिन्न होती है। QC कवरेज वितरण के साथ सत्यापित करें।
इनपुट
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लक्ष्य का आकार
WGS जीनोम आकार का उपयोग करता है; एक्सोम/पैनल कुल लक्ष्य आकार (बीपी) का उपयोग करता है।
उदाहरण: 3.2 जीबी (मानव डब्लूजीएस लगभग) / 50 एमबी (मानव एक्सोम लगभग)
इनपुट मोड
कारक (0-1)
आप मोटे अनुमान के लिए डिफ़ॉल्ट रख सकते हैं.
—
विकल्प
≥k× एक Poisson-आधारित मार्गदर्शिका है जो समान यादृच्छिक कवरेज मानती है। वास्तविक डेटा भिन्न होता है (उच्च गहराई पर, सामान्य सन्निकटन का उपयोग किया जा सकता है)।
परिणाम (औसत गहराई)
मध्यवर्ती गणना (कच्चा → प्रयोग करने योग्य → मैप किया गया → लक्ष्य पर → अद्वितीय)
| कदम | आधार (ऑटो इकाइयां) |
|---|
≥k× अनुपात (गाइड)
| दहलीज | पी(गहराई ≥ के) |
|---|
माध्य गहराई λ के साथ Poisson पर आधारित गाइड (गैर-समान कवरेज के कारण निश्चित नहीं)।
इसकी गणना कैसे की जाती है
- रीड काउंट (पीई/एसई) या कुल उपज (जीबी) से कच्चे आधार की गणना करें।
- अद्वितीय ऑन-टार्गेट आधारों का अनुमान लगाने के लिए प्रयोग करने योग्य, मैपिंग, ऑन-टारगेट और डुप्लिकेट दरें (1-डुप्लिकेट) लागू करें।
- औसत गहराई = अद्वितीय_ऑन_लक्ष्य_आधार / लक्ष्य_आकार।
- ≥k× को Poisson-आधारित मार्गदर्शिका के रूप में दिखाया जा सकता है।
औसत गहराई उपयोगी है, लेकिन एकरूपता अलग है. कवरेज वितरण क्यूसी से पुष्टि करें।
सामान्य प्रश्न
30× WGS के लिए कितने रीड्स की आवश्यकता है?
यह लक्ष्य आकार, पढ़ने की लंबाई और कारकों (मानचित्रण दर, आदि) पर निर्भर करता है। अपनी स्थितियों के लिए व्युत्क्रम गणना का उपयोग करें।
ऑन-टार्गेट दर क्या है?
प्रयोग करने योग्य का एक मोटा अंश उस भूमि को लक्ष्य क्षेत्र पर पढ़ता है (किट/स्थितियों के अनुसार भिन्न होता है)।
यदि औसत गहराई समान है, तो क्या प्रत्येक क्षेत्र की गहराई समान है?
नहीं, औसत केवल औसत है, और वास्तविक कवरेज भिन्न-भिन्न होती है। इसे एक मार्गदर्शक के रूप में उपयोग करें.
क्या ≥k× अनुपात सटीक है?
यह एक Poisson-आधारित मार्गदर्शिका है जो समान यादृच्छिक कवरेज मानती है। वास्तविक डेटा भिन्न होता है.
संबंधित उपकरण
- DNA/RNA सांद्रता ↔ mol ↔ प्रतिलिपि संख्या
लाइब्रेरी की तैयारी और इनपुट रूपांतरण के लिए।
- qPCR मानक वक्र कैलकुलेटर
समान परिमाणीकरण वर्कफ़्लो (मानक → वक्र → व्युत्क्रम)।
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