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la génétique test χ²

Calcul de l'équilibre (loi) de Hardy-Weinberg : fréquence attendue/χ²

À partir des AA/Aa/aa observés, la fréquence allélique (p, q), la fréquence attendue (p², 2pq, q²), χ² et la valeur p sont calculées collectivement. Vous pouvez vérifier la différence entre les observations et les attentes dans des graphiques et des tableaux.

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Exemple (préréglé)

Une fois que vous avez sélectionné un exemple, l'entrée sera renseignée et les résultats apparaîtront immédiatement.

Descriptif

entrée

mode de saisie

Valeur observée (AA/Aa/aa)

Degrés de liberté (df)
Avancé (affichage/graphique)

Coller / CSV (facultatif)

Il prend également en charge le collage de TSV/CSV (par ex.AA Aa aa). Une fois collé, il sera reflété dans le champ de saisie.

résultat

N (nombre total)
p(UNE)
q(une)
MAF (référence)
χ²
df
valeur p
Jugement (pour affichage)
Plaques de cuisson (observation hétéro)
Hexp (hétéro attendu)
F (référence)

*Il s'agit d'un outil de calcul statistique et n'est pas destiné à un jugement médical.

graphique

Observation vs attente
résiduel

*Les résidus sont affichés uniquement en mode valeur observée (Avancé → "Afficher les résidus").

Tableau (O/E/Contribution)

génotype observé(O) attendu (E) O-E (O−E)²/E résiduel

Comment utiliser/calculer

  1. Saisissez AA/Aa/aa (vous pouvez également utiliser l'exemple).
  2. Sélectionnez les degrés de liberté (la valeur par défaut est df=1) et le niveau de signification (pour l'affichage).
  3. p,q, fréquence attendue, χ², valeur p sont affichés.

fréquence allélique:p = (2·AA + Aa)/(2N), q = 1 − p

Fréquence attendue (HWE):E(AA)=p²N, E(Aa)=2pqN, E(aa)=q²N

χ²: Σ (O−E)²/E (somme de AA, Aa, aa)

Si les fréquences attendues sont petites, le test χ² peut donner une mauvaise approximation. Veuillez vérifier l'affichage d'avertissement avant utilisation.

Questions fréquemment posées (FAQ)

Qu'est-ce que l'équilibre de Hardy-Weinberg (HWE) ?

L'idée est qu'avec 2 allèles (A/a), sous certaines hypothèses, les fréquences des génotypes seront p² (AA), 2pq (Aa), q² (aa) à partir des fréquences alléliques p et q.

Comment calcule-t-on p et q ?

À partir des AA/Aa/aa observés, calculez p = (2*AA + Aa)/(2N), q = 1 - p.

Pourquoi le degré de liberté (df) du test χ² est-il souvent égal à 1 ?

Puisque p est estimé à partir des valeurs observées, df=1 est généralement utilisé pour trois classifications (AA/Aa/aa) (df=2 peut également être sélectionné comme option avancée).

Un avertissement apparaissait si la fréquence attendue était faible. Que dois-je faire?

Si la fréquence attendue est petite, le test χ² peut donner une approximation grossière. Veuillez vérifier le nombre d'échantillons et la plage, ou envisager un test exact (non implémenté dans cet outil).

Petite valeur p = pas nécessairement d'équilibre, n'est-ce pas ?

La valeur p est une mesure de la « taille de l’écart ». Il est recommandé de ne pas tirer de conclusions basées uniquement sur les résultats, car ceux-ci varieront en fonction de la taille de l'échantillon, des hypothèses relatives à la population, de la méthode de collecte de données, etc.

Quelle est la différence avec le test χ² pour le rapport de séparation mendélien ?

Les deux méthodes sont similaires dans la mesure où elles comparent les observations et les attentes, mais HWE est unique dans la mesure où elle crée des fréquences attendues à partir des fréquences alléliques p et q. Veuillez les utiliser en fonction du but recherché.

Les calculs de cet outil sont-ils envoyés en externe ?

Non envoyé. Les calculs sont effectués dans le navigateur.