Kuinka käyttää (3 vaihetta)
- Valitse nukleiinihappotyyppi (dsDNA jne.) ja pituus (bp/nt).
- Syötä yksi tunnettu arvo ng/µL, nM tai kopiot/µL.
- Muut arvot lasketaan automaattisesti. Syötä äänenvoimakkuus nähdäksesi kokonaismäärät.
Syöte (tyyppi, pituus, konsentraatio)
Tulokset (ng/µL, nM, kopiot)
Tulokset näkyvät täällä.
—————————
Miten se lasketaan
- Molekyylipaino = pituus × kerroin (noin)
mol/L = g/L ÷ molekyylipainokopioita/L = mol/L × Avogadron vakio- Volyymin syöttäminen tuottaa yhteensä ng, kokonaispmol ja kopiot yhteensä.
Usein kysyttyä
Mikä on 10 ng/µl nM:na?
Se riippuu fragmentin pituudesta ja nukleiinihappotyypistä. Sama 10 ng/µl antaa paljon korkeamman nM-arvon lyhyelle fragmentille kuin pitkälle amplikonille tai transkriptille.
Miten kopiomäärät lasketaan?
Työkalu muuntaa massapitoisuuden moolipitoisuudeksi molekyylipainon avulla ja kertoo sitten moolimäärän Avogadron vakiolla kopioiden saamiseksi.
Miksi kertomat eroavat dsDNA:n ja RNA:n välillä?
Keskimääräinen molekyylipaino emästä tai emäsparia kohti vaihtelee nukleiinihappotyypin mukaan. Tämä työkalu käyttää standardeja likimääräisiä kertoimia dsDNA:lle, ssDNA:lle, RNA:lle ja oligoille.
Voinko muuntaa ilman pituutta (bp/nt)?
Pituus tarvitaan arvioimaan molekyylipainoa. Jos tiedät tarkan molekyylipainon, anna se suoraan muodossa g/mol.
Mitä äänenvoimakkuuden syöttäminen näyttää?
Se laskee kokonaismassan, kokonaispmol:n ja kokonaiskopiot syötetystä tilavuudesta, mikä on hyödyllistä putken kokonaismäärien, alikvoottien ja laimennussuunnittelun kannalta.
Mitä jaettava URL sisältää?
Se palauttaa syötetyt arvot (tyyppi, pituus, yksiköt jne.).
Kuinka valita oikea lähtö ensin
qPCR:lle ja standardeille
Jos teet standardeja tai malliarvioita, kopiot/µL on usein tavoitetulos. Aloita arvosta ng/µL tai nM, muunna sitten kopioiksi/µl vasta sen jälkeen, kun olet varmistanut fragmentin pituuden ja onko molekyyli dsDNA, ssDNA vai RNA.
NGS- ja laimennustyönkulkuihin
Jos yhdistät kirjastoja tai kohdistat samaan molaariseen syöttöön, nM on yleensä lähtö, jonka tarvitset ensin. Muunna arvosta ng/µL käyttämällä fragmentin pituutta, joka vastaa työnkulussa käytettyä todellista insertin tai kirjaston kokojakaumaa.
Nopeita mielenterveystarkastuksia varten
Jos jokin muu työkalu antaa hyvin erilaisen vastauksen, vertaa ensin fragmentin pituutta, nukleiinihappotyyppiä ja molekyylipainosopimusta. Tarkista nämä oletukset ennen kuin päätät yhden tuloksen olevan väärä.
Aiheeseen liittyvät työkalut
- NGS-kirjaston pitoisuus (ng/µl → nM) | laimennus | CalcBEMuunna kirjaston massakonsentraatio nM:ksi ja tarkista sitten laimennus- ja yhdistämiskohteet sekvensoinnin valmistelua varten.
- A260-laskin (DNA/RNA-pitoisuus ja puhtaus) | CalcBEArvioi nukleiinihappopitoisuus ja puhtaus absorbanssista ennen muuntamista mooli- tai kopiopohjaisiksi yksiköiksi.
- DNA-kokoonpanon sekoituslaskin (Gibson/Golden Gate) | CalcBESuunnittele runko ja lisää määrät sen jälkeen, kun olet muuntanut varastopitoisuudet vertailukelpoisiksi moolipohjaisiksi.
- qPCR-standardikäyräMuuta kopiomääräoletukset standardikäyrätarkistuksiksi ja laimennussarjan suunnitteluksi qPCR-ajoille.
- Sentrifugimuunnin (rpm ↔ RCF ×g) | roottorin säteen mukaan | CalcBETarkista sentrifugin asetukset näytteen valmisteluvaiheiden ohella, kun siirryt keskittymis- ja puhdistustyönkulun välillä.
Palaute
Kerro meille ongelmista tai parannusideoista tämän työkalun parantamiseksi.