生物計算ツール

目的別クイック導線

PCR準備： プライマーTm → PCRマスターミックス

qPCR解析： qPCR標準曲線 → ΔCt/ΔΔCt（相対発現）

核酸→NGS準備： A260（濃度・純度） → DNA/RNA変換 → NGSライブラリー濃度（ng/µL→nM） → プーリング

クローニング： ライゲーション（モル比） → DNA組み立て（Gibson/Golden Gate）

細胞・感染： ヘモサイトメータ → 細胞播種（Seeding） → MOI

微生物： CFU/mL（希釈倍率・播種量）

多様性解析： 多様度指数（Shannon・Simpson） → β多様性（Jaccard/Bray-Curtis）

遺伝（学習）： Punnett Square → メンデル分離比χ² → Hardy–Weinberg → Wright–Fisher

「→」は“次にやること”の意味です。迷ったら左から順に進めるとつながります。

研究室の実務

おすすめの順番： ヘモサイトメータ → 細胞播種 → MOI

• ヘモサイトメータ計算機（cells/mL・生存率）
  ヘモサイトメータのカウントと希釈倍率から、細胞濃度（cells/mL）と生存率（%）を自動計算できる無料ツールです。例題・警告・結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• CFU/mL 計算機（希釈倍率・播種量）
  希釈倍率（10^-6など）、播種量（mL）、コロニー数からCFU/mLを自動計算できる無料ツールです。目安の範囲（30〜300）による自動採用と手動採用に対応し、希釈ごとのまとめやグラフ、CSV/LaTeX・共有URLも出力します。
• 遠心条件の換算（rpm ⇄ ×g/RCF）計算
  遠心機の回転数（rpm）と相対遠心力（×g/RCF）を、ローター半径から相互換算できる無料ツールです。半径の単位（mm/cm/in）、よく使う条件の一覧表、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• DNA/RNA 濃度↔モル↔コピー数 変換
  DNA/RNAの長さ（bp/nt）と核酸タイプから、ng/µL・nM・copies/µLを相互に変換できる無料ツールです。体積を入れれば総量（総ng/総copies）も計算でき、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• NGS カバレッジ計算機（平均深さの概算）
  ターゲットサイズと、リード数（PE/SE）または総データ量（Gb）から、平均カバレッジ（平均深さ）を概算できる無料ツールです。usable率・mapping率・on-target率・重複率も反映でき、目標深さに必要なデータ量の逆算や、≥k×の割合（ポアソン近似の目安）、共有URL・CSV/JSON出力にも対応します。
• NGSライブラリー濃度（ng/µL→nM）換算・希釈・プーリング計算
  NGSライブラリー濃度をng/µLと平均フラグメント長からnMに換算し、希釈やプーリング（等量/等モル混合）まで一括で計算できる無料ツールです。表入力・例題・結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• 細胞播種（Seeding）計算機
  目標 cells/well（または cells/cm²）と使用ウェル数、体積、細胞濃度から、必要な細胞液量と培地量を自動計算できる無料ツールです。1ウェルあたりの分注量、余裕分、生存率補正にも対応し、結果のコピー・CSV/LaTeX・共有URLを出力します。
• 感染多重度（MOI）計算：細胞数・タイター・添加量から算出
  細胞数・タイター（TU/PFU/IFUなど）・添加量からMOI（感染多重度）を計算できる無料ツールです。目標MOIから添加量/必要タイターの逆算、Poissonモデルによる感染率の目安、複数ウェル分の合計量（余裕分込み）にも対応します。
• ELISA 標準曲線フィッター（4PL/5PL）
  ELISAの標準点（濃度とODなど）から4PL/5PLをフィットし、未知試料の濃度を自動計算できる無料ツールです。重み付け、残差、バック計算（回収率）の確認や、共有URL・CSV/JSON出力にも対応します。

分子生物

PCR準備： プライマーTm → PCRマスターミックス

クローニング： ライゲーション → DNA組み立て

• A260 濃度・純度 計算機（A260/280・A260/230）
  A260/A280/A230と希釈倍率から、DNA/RNAの濃度（ng/µL・µg/mL）と純度比（A260/280・A260/230）を自動計算できる無料ツールです。体積を入れれば総量も確認でき、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• プライマー Tm 計算機（PCRのアニーリング温度の目安）
  プライマー配列（5'→3'）からTm（融解温度）を計算し、PCRのアニーリング温度の目安もまとめて確認できる無料ツールです。おすすめ（最近傍法）と簡易法の切替、Forward/Reverseのペア入力、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• PCR反応液（マスターミックス）計算：反応数・最終濃度・余裕分
  PCR/qPCRの反応体積・反応数と、ストック濃度/最終濃度から各試薬の必要量（µL）をマスターミックスとして自動計算できる無料ツールです。余裕分（%や+1反応）、96/384ウェル、手順文コピー、CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• ライゲーション計算：ベクター：インサートのモル比から必要量を出す
  ベクター量（ng）・サイズ（bp）・狙うモル比（例 1:3）から、ライゲーションに必要なインサート量（ng・µL）を自動計算できる無料ツールです。よく使う比率プリセット、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• DNA組み立て（Gibson / Golden Gate）混合量計算
  Gibson / Golden Gate のDNA組み立てで、BackboneとInsertのモル比から必要量（ng・µL）を自動計算し、反応総量に合わせた水（残量）や（例としての）試薬量もまとめて確認できる無料ツールです。例題・表入力・コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。

生化学

おすすめの順番： タンパク質定量（検量線） →（必要なら）Kd / IC50/EC50

• Michaelis–Menten フィッター（Km・Vmax）
  基質濃度[S]と初速度vから、Michaelis–Menten式を非線形フィットしてKm・Vmaxを推定できる無料ツールです。散布図+フィット曲線、残差、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• タンパク質定量の検量線計算（BCA法 / Bradford法）
  BCA法・Bradford法の標準（検量線）を作成し、未知サンプルのタンパク質濃度を推定できる無料ツールです。線形/2次回帰（自動比較AICc）、ブランク差し引き、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• 解離定数（Kd）計算：結合曲線のフィット（one site / Hill）
  結合（binding）データからKd（解離定数）を推定できる無料ツールです。one site / Hillフィット、自動モデル比較（AICc）、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。
• IC50/EC50 計算（濃度反応曲線のフィット：4PL/5PL）
  濃度反応データからIC50/EC50（50%点）を推定できる無料ツールです。4PL/5PLフィット、阻害/活性化の方向、ログ軸、リピート平均±SD、指標（R²・RMSE・AIC）、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URLにも対応します。

遺伝学

おすすめの順番： Punnett Square → メンデル分離比χ² → Hardy–Weinberg → Wright–Fisher

• Punnett Square 生成（1遺伝子・2遺伝子）
  親の遺伝子型（AA/Aa/aa、AaBbなど）からPunnett Square（プネット方眼）を自動生成し、子の遺伝子型の割合（%・比）をまとめて確認できる無料ツールです。Markdown表コピーやCSV/LaTeX、共有URLにも対応します。
• メンデル分離比 χ² 検定 計算機
  観測数と期待比（3:1、9:3:3:1など）から、χ²・自由度・p値を手順付きで計算できる無料ツールです。期待数や寄与、観測 vs 期待のグラフも表示し、CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。

生態・進化

おすすめの順番（多様性）： 多様度指数 → β多様性

おすすめの順番（成長）： 成長曲線 → 倍加時間 → ロジスティックのK（上限）

• 成長曲線フィッター（指数・ロジスティック）
  時間系列データから指数成長とロジスティック成長をフィットして比較し、成長率・倍加時間・飽和値Kを推定できる無料ツールです。残差やモデル比較も表示し、CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• 多様度指数 計算機（Shannon・Simpson）
  種（カテゴリ）のカウントから、多様度指数（Shannon・Simpson）を自動計算できる無料ツールです。Shannon（ln/log2/log10）と、Simpson（D・1−D・1/D）を併記して表示し、Hill numbersや均等度も参考として確認できます。例題・コピペ入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応します。
• β多様性の計算（Jaccard / Bray-Curtis）
  Jaccard（存在/非存在）とBray-Curtis（量）で、サンプル間の違い（β多様性）を距離行列として計算できる無料ツールです。OTU/ASV表の貼り付け・CSV取込、ヒートマップ、PCoA、CSV/JSON出力、共有URL、PNG保存にも対応します。
• 遺伝的浮動シミュレーター（Wright–Fisher）
  Wright–Fisherモデルで遺伝的浮動（ドリフト）をシミュレーションできる無料ツールです。N・p0・世代数・反復数から、軌跡・最終分布・固定/消失率を可視化し、共有URLやCSV/JSON出力にも対応します。

生物ツール一覧

• A260 濃度・純度 計算機（A260/280・A260/230）｜DNA/RNA対応｜CalcBE
  A260/A280/A230と希釈倍率から、DNA/RNAの濃度（ng/µL・µg/mL）と純度比（A260/280・A260/230）を自動計算。dsDNA/RNAの換算係数プリセット、体積から総量、ブランク補正（任意）、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応します。
• CFU/mL 計算機（希釈倍率・播種量）｜コロニー数から逆算｜CalcBE
  希釈倍率（10^-6など）、播種量（mL）、コロニー数からCFU/mLを自動計算。30〜300の目安による自動採用と手動採用に対応し、希釈ごとのまとめ、グラフ、手順ログ、CSV/LaTeX・共有URLも出力します。
• DNA/RNA 変換（ng/µL↔nM↔コピー数）計算機｜長さから換算｜CalcBE
  DNA/RNAの長さ（bp/nt）と核酸タイプから、質量濃度（ng/µL）、モル濃度（nM）、コピー数濃度（copies/µL）を相互変換。分子量の近似係数を表示し、体積を入れれば総ng/総copiesも計算。結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応。
• DNA組み立て計算（Gibson/Golden Gate）｜混合量を自動計算｜CalcBE
  Gibson/Golden GateのDNA組み立てで、BackboneとInsertのモル比から必要量（ng・µL）を自動計算します。濃度が分かる場合は体積まで算出し、反応総量に合わせて水（残量）も計算。例題・表入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• ELISA 標準曲線フィッター（4PL/5PL）｜ODから濃度を計算｜CalcBE
  ELISAの標準点（濃度とODなど）から4PL/5PLをフィットし、未知試料の濃度を自動計算します。重み付け（1/y・1/y²）、残差・バック計算（回収率）、共有URL、CSV/JSON出力に対応。ブラウザ内で完結します。
• Hardy–Weinberg 平衡・カイ二乗検定 計算機
  2つの対立遺伝子を持つ1遺伝子座について、遺伝子型数や対立遺伝子頻度からHardy–Weinberg平衡の期待値を求め、カイ二乗検定で有意なずれがあるかどうかを判定する無料の計算ツールです。
• IC50/EC50 計算（4PL/5PLフィット）｜濃度反応曲線｜CalcBE
  濃度と反応データを貼り付けるだけで、IC50/EC50（50%点）を4PL/5PLで推定します。阻害/活性化の比較やスクリーニングに。インストール不要・ブラウザ完結。
• Kd（解離定数）計算｜結合曲線フィット（one site / Hill）｜CalcBE
  結合（binding）データからKd（解離定数）を推定します。one site / Hill（協同性）フィット、自動モデル比較（AICc）、リピート平均±SD、残差、指標（R²・RMSE・AICc）、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URL、グラフPNGに対応。※解析ツールです（ブラウザで完結）。
• Michaelis–Menten フィッター（Km・Vmax）｜非線形フィット対応｜CalcBE
  基質濃度[S]と初速度vから、Michaelis–Menten式を非線形フィットしてKm・Vmaxを推定。散布図+フィット曲線、残差、R²/RMSE（目安）を表示し、結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLにも対応します。
• MOI（感染多重度）計算｜細胞数・タイター・添加量から算出｜CalcBE
  細胞数・タイター（TU/PFU/IFUなど）・添加量からMOI（感染多重度）を計算します。目標MOIから添加量/必要タイターの逆算、Poissonモデルによる感染率の目安、複数ウェル分の合計量（余裕分込み）にも対応。結果コピー・CSV/JSON・共有URL対応（ブラウザで完結）。
• NGS カバレッジ計算機（平均深さの概算）｜必要リード数も逆算｜CalcBE
  NGSの平均カバレッジ（平均深さ）を概算する無料ツール。ターゲットサイズと、リード数（PE/SE）または総データ量（Gb）から深さを計算し、usable率・mapping率・on-target率・重複率も反映できます。目標深さに必要なリード数/Gbの逆算、≥k×の割合（ポアソン近似の目安）、結果コピー・CSV/JSON・共有URLにも対応。
• NGSライブラリー濃度をnM換算（ng/µL→nM）｜希釈・プーリング｜CalcBE
  NGSライブラリーの濃度をng/µLと平均フラグメント長からnMに換算し、目標nMへの希釈（ノーマライゼーション）とプーリング（等量/等モル）まで一括で計算します。表入力・例題・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※目安ツールです（ブラウザで完結）。
• PCR マスターミックス計算機｜反応数・濃度・余裕分を一括｜CalcBE
  PCR/qPCRの反応体積・反応数と、ストック濃度/最終濃度から、各試薬の必要量（µL）をマスターミックスとして自動計算します。余裕分（%や+1反応）、96/384ウェル、手順文コピー、CSV/JSON、共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• Punnett Square 生成（1遺伝子・2遺伝子）｜分離比を自動計算｜CalcBE
  親の遺伝子型（AA/Aa/aa、AaBbなど）からPunnett Squareを自動生成し、遺伝子型の割合（%/比）や、完全優性を仮定した表現型比（目安）も表示します。例題・Markdown表コピー・CSV/LaTeX・共有URLに対応。
• qPCR 標準曲線 計算機（効率・R²・未知量）｜CalcBE
  標準試料の量とCtからqPCR標準曲線を作成し、傾き・切片・R²・PCR効率（%）を計算。未知Ctから量を逆算し、残差図と95%帯、手順ログ、CSV/LaTeX、共有URLに対応。
• タンパク質定量の検量線計算（BCA法 / Bradford法）｜標準曲線｜CalcBE
  BCA法・Bradford法の標準（検量線）を作成し、未知サンプルのタンパク質濃度を推定します。線形/2次回帰（自動比較AICc）、ブランク差し引き、リピート平均±SD、残差、点の除外、結果コピー、CSV/JSON、共有URL、グラフPNGに対応。※計算はブラウザで完結します。
• プライマー Tm 計算機｜PCRのアニーリング温度の目安｜CalcBE
  DNAプライマー配列（5'→3'）からTm（融解温度）を計算し、アニーリング温度の目安も表示します。おすすめ（最近傍法）と簡易法の切替、Na+・プライマー濃度設定、Forward/Reverseのペア入力、結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※目安ツールです（ブラウザで完結）。
• ヘモサイトメータ計算機（cells/mL・生存率）｜Trypan Blue対応｜CalcBE
  ヘモサイトメータのカウントと希釈倍率から、細胞濃度（cells/mL）と生存率（%）を自動計算。改良ノイバウアー（10^4係数）に対応し、例題・警告・結果コピー・CSV/LaTeX・共有URLも提供します。
• メンデル分離比 χ²検定 計算機｜3:1・9:3:3:1対応｜CalcBE
  観測数と期待比（3:1、9:3:3:1など）から、χ²・自由度・p値を自動計算。期待数とカテゴリ別の寄与、観測vs期待のグラフ、手順ログ、CSV/LaTeX・共有URLにも対応。
• ライゲーション計算｜ベクター：インサートのモル比で必要量を算出｜CalcBE
  ベクター量（ng）とサイズ（bp）、狙うモル比（例1:3）から、ライゲーションに必要なインサート量（ng・µL）を自動計算します。よく使う比率プリセット、結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。※量の計算ツールです（ブラウザで完結）。
• 遺伝的浮動シミュレーター（Wright–Fisher）｜アレル頻度のドリフト｜CalcBE
  Wright–Fisherモデルで遺伝的浮動（ドリフト）をシミュレーション。N・初期頻度p0・世代数・反復数から、軌跡・最終分布・固定/消失率を可視化します。選択・突然変異・移入（詳細モード）や共有URL、CSV/JSON出力にも対応。
• 遠心条件換算（rpm⇄×g/RCF）計算｜半径から自動換算｜CalcBE
  遠心機の回転数rpmと相対遠心力×g（RCF）を、ローター半径（mm/cm/in）から相互換算します。よく使う条件の一覧表、結果コピー、CSV/JSON、共有URLに対応。※半径の定義で値は変わります（ブラウザで完結）。
• 細胞播種（Seeding）計算機｜cells/well→必要量を逆算｜CalcBE
  目標cells/well（またはcells/cm²）、使用ウェル数、体積、細胞濃度から、必要な細胞液量と培地量を自動計算。1ウェルあたりの分注量、余裕分、生存率補正にも対応し、結果のコピー・CSV/LaTeX・共有URLを出力します。
• 成長曲線フィッター（指数・ロジスティック）｜倍加時間・K推定｜CalcBE
  時間系列データから指数成長とロジスティック成長をフィットし、成長率r・倍加時間・飽和値Kを推定。実測点とフィット曲線、残差、モデル比較（RMSE/AIC）を表示し、CSV/LaTeX、共有URLに対応。
• 多様度指数 計算機（Shannon・Simpson）｜生態・微生物の多様性を計算｜CalcBE
  種（カテゴリ）のカウントから、多様度指数（Shannon・Simpson）を自動計算。Shannon（ln/log2/log10）、Simpson（D・1−D・1/D）を併記して混乱を防ぎ、Hill numbers（q=0/1/2）や均等度（Pielou J）も参考表示できます。例題・コピペ入力・結果コピー・CSV/JSON・共有URLに対応。
• β多様性の計算（Jaccard / Bray-Curtis）｜距離行列・PCoA｜CalcBE
  Jaccard（存在/非存在）とBray-Curtis（量）で、サンプル間の違い（β多様性）を計算します。OTU/ASV表の貼り付け・CSV取込に対応し、距離行列の表/ヒートマップ、PCoA（2D）、グループ色分け、CSV/JSON出力、共有URL、PNG保存までまとめて使えます。※計算はブラウザで完結します。