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qPCR Normalisation

Calculateur ΔCt / ΔΔCt (expression relative)

Collez les valeurs qPCR Ct pour calculer ΔCt/ΔΔCt et l'expression relative (2^-ΔΔCt). Prend en charge la sélection de calibrateurs, plusieurs gènes de référence, la correction d'efficacité Pfaffl, les tracés, les journaux d'étapes, CSV/LaTeX et les URL de partage.

Tous les calculs s'exécutent dans votre navigateur ; les données ne sont pas envoyées. Pour usage de recherche/éducation uniquement. Pas pour le diagnostic.

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Comment utiliser (3 étapes)

  1. Collez les données avec les en-têtes techniques Group, Sample, Ct_target et Ct_ref, ou chargez un CSV. Ces en-têtes restent en anglais afin d’être reconnus par l’import. Pour plusieurs références, utilisez Ct_ref1, Ct_ref2, etc.
  2. Sélectionnez un groupe de calibrateur (ou un échantillon) et une méthode récapitulative (moyenne/médiane). Activez la correction Pfaffl si nécessaire.
  3. Cliquez sur Calculer pour afficher ΔCt, ΔΔCt, log2FC et la variation relative dans les tableaux et les graphiques. Les URL de partage conservent les mêmes paramètres.

Ordre recommandé

  1. Tout d’abord, vérifiez l’efficacité avec une courbe standard → qPCR courbe standard
  2. Ensuite, calculez ΔCt / ΔΔCt (cette page)
  3. Si nécessaire, évaluez la variabilité ou l’importance → Intervalle de confiance et tests d'hypothèses

Allez plus loin

Saisie des données et options

Saisie des données et options

Les valeurs par défaut sont des exemples. La sélection d’un préréglage met immédiatement à jour les entrées et les paramètres. Pour vos propres données, collez et cliquez sur Calculer.

Résultats (résumé)

Les données d'exemple sont déjà chargées. Avec JavaScript activé, ce résumé affiche ΔCt, ΔΔCt, log2FC et le changement de facteur.

Résultats par ligne

Rangée Groupe Échantillon Ct_cible Ct_réf ΔCt ΔΔCt log2FC Variation relative Valeur aberrante

Les valeurs aberrantes ne sont pas supprimées automatiquement ; ils sont présentés comme candidats (basés sur l'IQR).

Résumé du groupe

Groupe n log2FC moyen Écart-type du log2FC SEM du log2FC Moyenne géométrique de la variation relative Moyenne arithmétique de la variation relative

Graphiques (log2FC / variation relative)

Étapes de calcul (Comment c'est calculé)

    FAQ

    Quelle est la différence entre ΔCt et ΔΔCt ?

    ΔCt est la différence au sein de l'échantillon entre la cible et la référence. ΔΔCt est la différence par rapport à un calibrateur.

    Quelle est l’hypothèse pour 2^-ΔΔCt ?

    Il suppose généralement que les efficacités d’amplification cible et de référence sont égales ou similaires. Utilisez la correction Pfaffl si elles diffèrent.

    Dois-je utiliser Fold ou Log2FC ?

    log2FC est symétrique et plus simple pour les statistiques et les tracés. Fold est plus intuitif.

    Comment sont gérés plusieurs gènes de référence ?

    Lorsque Ct_ref1, Ct_ref2, etc. sont fournis, les valeurs de référence Ct sont agrégées avant de calculer ΔCt.

    Quand dois-je utiliser la correction d'efficacité Pfaffl ?

    Envisagez la correction Pfaffl lorsque les efficacités cible et de référence diffèrent considérablement.

    L’URL de partage inclut-elle des données ?

    Seuls les paramètres sont enregistrés ; les données ne sont pas incluses.

    Références (notes)

    Les hypothèses et les guides sur cette page sont des références générales. Pour la recherche/l’éducation, consulter les sources primaires au besoin.

    Commentaires

    Partagez des questions ou des améliorations (les commentaires se chargent après avoir cliqué sur le bouton).