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Biologie moléculaire Clonage

DNA Calculateur de mélange d'assemblage (Gibson / Golden Gate)

Calculez la masse et le volume DNA requis à partir des rapports molaires squelette/insert pour Gibson ou Golden Gate. Si les concentrations sont fournies, les volumes et l'eau restante pour la réaction totale sont calculés.

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Comment utiliser (3 étapes)

  1. Sélectionnez un exemple ou entrez la longueur du fragment (pb) et la concentration (ng/µL) pour le squelette et les inserts.
  2. Choisissez le rapport molaire (par exemple, inserts 2×) et la quantité de squelette (pmol ou ng).
  3. La masse (ng) et le volume (µL) requis, ainsi qu'une recette (mélange principal/réactifs et eau restante), apparaîtront.

Ceci est un calculateur de quantité. Les conditions recommandées varient selon le kit et le protocole, alors suivez votre protocole. Les préréglages de réactifs Golden Gate sont des exemples destinés au calcul uniquement.

Entrées (table de fragments)

—

Les rapports molaires reflètent le nombre de molécules. Différentes longueurs signifient différents nombres de molécules pour la même masse.
Détails (poids moléculaire par pb)
Utilisez 660 g/mol/pb comme valeur approximative pour l’ADNdb.
Nom Rôle Longueur (pb) Concentration (ng/μL) Actions
Coller TSV (facultatif)

Coller à partir d'Excel/Sheets (séparés par des tabulations).

Résultats

Eau restante (µL)
—
Volume total de DNA (µL)
—
Masse totale de DNA (ng)
—
2× mixage principal volume (µL)
—
Fragment Rôle Longueur (pb) Cible (pmol) Masse (ng) Volume (µL) Remarque

Cet outil calcule uniquement les montants. Cela ne garantit pas le succès.

Comment c'est calculé

  1. En tant qu'approximation de l'ADNdb, pmol = (masse_ng × 1000) / (pb × 660).
  2. Définissez la quantité de backbone (pmol pour Gibson, ng pour Golden Gate) et calculez le pmol de backbone.
  3. Chaque cible d'insertion est insert_target_pmol = backbone_pmol × rapport, puis converti en masse (ng).
  4. Si la concentration (ng/µL) est connue, volume = masse / conc donne le volume (µL).
  5. L’eau restante est calculée à partir du volume réactionnel total moins le mélange principal/réactifs et le volume DNA.

Les valeurs sont des guides. Suivez votre kit/protocole pour connaître les conditions finales.

FAQ

Quelle est la différence entre Gibson et Golden Gate ?
Les deux assemblent des fragments DNA, mais les mécanismes réactionnels et les enzymes diffèrent. Cet outil calcule la quantité de DNA à mélanger.
Pourquoi utiliser des rapports molaires ?
Des fragments de différentes longueurs ont un nombre de molécules différent pour une même masse. Les rapports molaires maintiennent le nombre de molécules cohérent.
Quels ratios sont couramment utilisés ?
En règle générale, les inserts font souvent 2× ou 3× la colonne vertébrale. Cela dépend du montage et doit être testé.
Puis-je l'utiliser sans valeurs de concentration ?
Oui. Vous pouvez toujours calculer la masse requise (ng). Les volumes (µL) sont affichés uniquement lorsque les concentrations sont fournies.
Mes volumes sont extrêmement petits (par exemple, 0,1 µL).
Les très petits volumes sont sujets aux erreurs. Envisagez des dilutions intermédiaires ou ajustez la quantité de squelette et le volume de réaction.
Puis-je utiliser les préréglages de réactifs Golden Gate tels quels ?
Les volumes de réactifs dépendent du kit et du protocole. Les préréglages sont des exemples de calcul uniquement ; suivez votre protocole.
Ces montants garantiront-ils le succès ?
Non. Cet outil ne calcule que des montants. Le succès dépend de la conception, de la qualité DNA et des conditions de réaction.