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Bioquímica Ajuste de curvas

Calculadora Kd: ajuste de curva vinculante (un sitio / Hill)

Calcule Kd (constante de disociación) a partir de datos vinculantes. Ajuste un sitio (estándar) o Hill (cooperatividad), compare modelos (AICc), muestre la media ± DE y los residuos, y excluya los valores atípicos si es necesario.

Todos los cálculos se ejecutan en su navegador; Los datos no se envían.

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Ejemplo (preestablecido)

Elija un ejemplo para completar las entradas y ver los resultados de inmediato.

Descripción
—
Cómo utilizar (3 pasos)
  1. Pegue la concentración y la respuesta (se admiten réplicas de columnas) o importe un archivo CSV/TSV.
  2. Seleccione el modelo (automático/un sitio/Hill) y las unidades.
  3. Se muestran Kd, la curva ajustada y las métricas de ajuste.

Esta es una herramienta de análisis. Las definiciones de los modelos pueden diferir según el software, así que verifique la ecuación y la definición Kd (50 % de puntos) utilizada en su flujo de trabajo.

Entrada (pegar / CSV)

Formato: col 1 = concentración, col 2+ = respuesta (rep1, rep2,…). TSV/CSV compatible.

Exclusión de puntos (opcional)
Haga clic en los puntos del gráfico para excluir/restaurar (Deshacer disponible)
excluido
—
Acciones

Configuraciones (mínima necesaria)

Avanzado (opcional)

Si incluye concentración 0, no se puede dibujar en un eje log10. La herramienta cambia la visualización (por ejemplo, symlog) cuando es necesario.

Resultados

Kd (50% punto)
—
pKd (M)
—
modelo—
Puntos—
R²—
RMSE—
AIC/AICc/BIC— / — / —
Bmax (arriba-abajo)—
Hill n (solo Hill)—
Comparación de modelos (automática)—

Parcelas

Haga clic en puntos para excluir/restaurar (Deshacer disponible)

Tabla (media ± DE, prevista, residuales)

Concentración significar SD y_hat residir excluido

Parámetros

Artículo Estimar IC del 95% (cuando está habilitado)

El IC del 95% es una aproximación (linealización). No confíes demasiado en él cuando tengas pocos puntos o valores atípicos.

Un sitio / Hill y Kd (50% punto)

Esta herramienta ajusta una curva vinculante utilizando un modelo de un sitio (estándar) o Hill (cooperatividad) e informa la concentración correspondiente al punto medio entre la parte superior y la inferior (el punto del 50%) como Kd.

El ajuste utiliza Levenberg-Marquardt (mínimos cuadrados no lineales). Con la ponderación SD habilitada, cada punto se pondera en 1/SD2.

Ecuaciones (referencia)

Aquí la concentración x es ≥ 0.

  • un sitio (Langmuir): y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)(n>0)

Con esta definición, x = Kd corresponde al punto 50% (punto medio entre arriba y abajo).

Si incluye concentración 0 (control), 0 no se puede dibujar en un eje log10, por lo que la herramienta ajusta la visualización (por ejemplo, symlog).

Preguntas frecuentes

¿Qué es Kd (constante de disociación)?
En esta herramienta, Kd se define como la concentración correspondiente al punto del 50% de la curva de unión (punto medio entre la parte superior e inferior). Un Kd más pequeño a menudo se interpreta como una mayor afinidad.
¿Cuál es la diferencia entre un sitio y Hill?
Un sitio supone una unión saturable estándar sin cooperatividad. El modelo Hill puede capturar la cooperatividad y es útil cuando el coeficiente n Hill se desvía de 1.
¿Cómo funciona la selección de modelo de automóvil?
La herramienta se adapta tanto a un sitio como a Hill y compara métricas como AICc. Si la diferencia es pequeña, preferir el modelo más simple de un solo sitio suele ser más seguro (como se muestra en los resultados).
¿Puedo incluir una concentración cero (control)?
Sí. El ajuste puede manejarlo, pero 0 no se puede dibujar en un eje log x, por lo que la herramienta ajusta la visualización (por ejemplo, symlog) cuando es necesario.
¿Cómo se manejan las réplicas?
De forma predeterminada, el ajuste utiliza la media en cada concentración. SD se utiliza para barras de error y, opcionalmente, puede ponderar puntos en 1/SD².
Mi coeficiente Hill es extremo. ¿Está bien?
Puede volverse inestable cuando tiene pocos puntos, un rango de concentración estrecho o valores atípicos. Considere excluir puntos, ampliar el rango o utilizar restricciones.
¿Cómo se calcula la pKd?
Si su unidad x se puede convertir a molar (M), pKd = -log10(Kd[M]). Para unidades de concentración de masa (p. ej., ng/mL), puede realizar la conversión si conoce el peso molecular.