Rumah / Sains & teknik / Biologi / Kd (kurva pengikatan)

← Biologi

Biokimia Pemasangan kurva

Kalkulator Kd: kesesuaian kurva pengikatan (satu situs / Hill)

Perkirakan Kd (konstanta disosiasi) dari data yang mengikat. Cocokkan satu situs (standar) atau Hill (kooperatif), bandingkan model (AICc), tunjukkan mean±SD dan residu, dan kecualikan outlier jika diperlukan.

Semua penghitungan dijalankan di browser Anda; data tidak terkirim.

Bahasa lain ja | en | zh-CN | es | pt-BR | id | fr | hi-IN | ar

Contoh (yang telah ditetapkan)

Pilih contoh untuk mengisi masukan dan segera melihat hasilnya.

Deskripsi
—
Cara menggunakan (3 langkah)
  1. Tempel konsentrasi dan respons (mendukung kolom replika) atau impor file CSV/TSV.
  2. Pilih model (otomatis/satu situs/Hill) dan unit.
  3. Kd, kurva pas, dan metrik kecocokan ditampilkan.

Ini adalah alat analisis. Definisi model dapat berbeda antar perangkat lunak, jadi periksa persamaan dan definisi Kd (50% poin) yang digunakan dalam alur kerja Anda.

Masukan (tempel / CSV)

Format: kolom 1 = konsentrasi, kolom 2+ = respon (rep1, rep2,…). TSV/CSV didukung.

Pengecualian poin (opsional)
Klik titik pada plot untuk dikecualikan/dipulihkan (Urungkan tersedia)
Dikecualikan
—
Tindakan

Pengaturan (minimal diperlukan)

Lanjutan (opsional)

Jika Anda memasukkan 0 konsentrasi, konsentrasi tersebut tidak dapat digambar pada sumbu log10. Alat ini mengalihkan tampilan (misalnya, symlog) bila diperlukan.

Hasil

Kd (50% poin)
—
pKd (M)
—
Model—
Poin—
R²—
RMSE—
AIC / AICc / BIC— / — / —
Bmax (Atas−Bawah)—
Hill n (hanya Hill)—
Perbandingan model (otomatis)—

Plot

Klik poin untuk dikecualikan/dipulihkan (Batalkan tersedia)

Tabel (rata-rata±SD, prediksi, residu)

Konsentrasi maksudnya SD kamu_hat tinggal Dikecualikan

Parameter

Barang Perkiraan 95% CI (bila diaktifkan)

CI 95% adalah perkiraan (linearisasi). Jangan terlalu percaya ketika Anda memiliki sedikit poin atau outlier.

Satu situs / Hill dan Kd (50% poin)

Alat ini mencocokkan kurva pengikatan menggunakan model satu situs (standar) atau Hill (kooperatif) dan melaporkan konsentrasi yang sesuai dengan titik tengah antara atas dan bawah (titik 50%) sebagai Kd.

Pemasangan menggunakan Levenberg – Marquardt (kuadrat terkecil nonlinier). Dengan pembobotan SD diaktifkan, setiap poin diberi bobot sebesar 1/SD2.

Persamaan (referensi)

Di sini, konsentrasi x adalah ≥ 0.

  • satu situs（Langmuir）: y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)（n>0）

Dengan definisi ini, x = Kd sesuai dengan titik 50% (titik tengah antara atas dan bawah).

Jika Anda menyertakan 0 konsentrasi (kontrol), 0 tidak dapat digambar pada sumbu log10, sehingga alat akan menyesuaikan tampilan (misalnya, symlog).

FAQ

Apa itu Kd (konstanta disosiasi)?
Dalam alat ini, Kd didefinisikan sebagai konsentrasi yang sesuai dengan titik 50% dari kurva pengikatan (titik tengah antara atas dan bawah). Kd yang lebih kecil sering diartikan sebagai afinitas yang lebih tinggi.
Apa perbedaan antara satu situs dan Hill?
Satu situs mengasumsikan pengikatan standar saturable tanpa kooperatif. Model Hill dapat menangkap kooperatifitas dan berguna ketika koefisien Hill n menyimpang dari 1.
Bagaimana cara kerja pemilihan model otomatis?
Alat ini cocok untuk satu situs dan Hill serta membandingkan metrik seperti AICc. Jika perbedaannya kecil, memilih model satu situs yang lebih sederhana seringkali lebih aman (ditunjukkan pada hasil).
Bisakah saya memasukkan konsentrasi nol (kontrol)?
Ya. Fit dapat mengatasinya, tetapi 0 tidak dapat digambar pada sumbu log x, sehingga alat menyesuaikan tampilan (misalnya, symlog) bila diperlukan.
Bagaimana cara menangani replika?
Secara default, kecocokan menggunakan mean pada setiap konsentrasi. SD digunakan untuk bilah kesalahan, dan Anda dapat memberi bobot opsional sebesar 1/SD².
Koefisien Hill saya ekstrim. Apakah itu oke?
Ini bisa menjadi tidak stabil jika Anda memiliki sedikit titik, rentang konsentrasi yang sempit, atau outlier. Pertimbangkan untuk mengecualikan poin, memperluas jangkauan, atau menggunakan batasan.
Bagaimana cara menghitung pKd?
Jika satuan x Anda dapat diubah menjadi molar (M), pKd = -log10(Kd[M]). Untuk satuan konsentrasi massa (misalnya ng/mL), Anda dapat mengonversinya jika berat molekul diketahui.