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Biochimie Ajustement de courbe

Calculateur Kd : ajustement de la courbe de liaison (un site / Hill)

Estimez Kd (constante de dissociation) à partir des données de liaison. Ajustez un site (standard) ou Hill (coopérativité), comparez les modèles (AICc), affichez la moyenne ± écart-type et les résidus, et excluez les valeurs aberrantes si nécessaire.

Tous les calculs s'exécutent dans votre navigateur ; les données ne sont pas envoyées.

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Exemple (préréglé)

Choisissez un exemple pour remplir les entrées et voir les résultats immédiatement.

Descriptif
—
Comment utiliser (3 étapes)
  1. Collez la concentration et la réponse (colonnes de réplication prises en charge) ou importez un fichier CSV/TSV.
  2. Sélectionnez le modèle (auto/un site/Hill) et les unités.
  3. Kd, la courbe ajustée et les mesures d'ajustement sont affichées.

Il s'agit d'un outil d'analyse. Les définitions de modèle peuvent différer selon les logiciels, alors vérifiez l'équation et la définition Kd (point de 50 %) utilisées dans votre flux de travail.

Entrée (coller / CSV)

Format : col 1 = concentration, col 2+ = réponse (rep1, rep2, …). TSV/CSV pris en charge.

Exclusion de points (facultatif)
Cliquez sur les points du tracé à exclure/restaurer (Annulation disponible)
Exclus
—
Actions

Paramètres (minimum requis)

Avancé (facultatif)

Si vous incluez une concentration de 0, elle ne peut pas être dessinée sur un axe log10. L'outil change l'affichage (par exemple, symlog) si nécessaire.

Résultats

Kd (50 %)
—
pKd (M)
—
Modèle—
Points—
R²—
RMSE—
AIC / AICc / BIC— / — / —
Bmax (haut−bas)—
Hill n (Hill uniquement)—
Comparaison de modèles (auto)—

Parcelles

Cliquez sur les points à exclure/restaurer (Annuler disponible)

Tableau (moyenne ± écart type, prédit, résidus)

Concentration signifier SD tu_chapeau résider Exclus

Paramètres

Article Estimation IC à 95 % (si activé)

L'IC à 95 % est une approximation (linéarisation). Ne lui faites pas trop confiance lorsque vous avez peu de points ou de valeurs aberrantes.

Un site / Hill et Kd (point de 50 %)

Cet outil ajuste une courbe de liaison à l'aide d'un modèle à un site (standard) ou Hill (coopérativité) et rapporte la concentration correspondant au point médian entre le haut et le bas (le point 50 %) sous la forme Kd.

L'ajustement utilise Levenberg – Marquardt (moindres carrés non linéaires). Avec la pondération SD activée, chaque point est pondéré par 1/SD2.

Équations (référence)

Ici, concentration x est ≥ 0.

  • un site（Langmuir） : y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill : y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)（n>0）

Avec cette définition, x = Kd correspond au point 50% (point médian entre le haut et le bas).

Si vous incluez 0 concentration (contrôle), 0 ne peut pas être dessiné sur un axe log10, donc l'outil ajuste l'affichage (par exemple, symlog).

FAQ

Qu'est-ce que Kd (constante de dissociation) ?
Dans cet outil, Kd est défini comme la concentration correspondant au point 50 % de la courbe de liaison (point médian entre le haut et le bas). Un Kd plus petit est souvent interprété comme une affinité plus élevée.
Quelle est la différence entre un site et Hill ?
Un site suppose une liaison saturable standard sans coopérativité. Le modèle Hill peut capturer la coopérativité et est utile lorsque le coefficient Hill n s'écarte de 1.
Comment fonctionne la sélection automatique du modèle ?
L'outil s'adapte à la fois à un site et à Hill et compare des métriques telles que AICc. Si la différence est faible, préférer le modèle plus simple à site unique est souvent plus sûr (comme le montrent les résultats).
Puis-je inclure une concentration nulle (contrôle) ?
Oui. L'ajustement peut le gérer, mais 0 ne peut pas être dessiné sur un axe x logarithmique, donc l'outil ajuste l'affichage (par exemple, symlog) si nécessaire.
Comment sont gérées les répliques ?
Par défaut, l'ajustement utilise la moyenne à chaque concentration. SD est utilisé pour les barres d'erreur et vous pouvez éventuellement pondérer les points de 1/SD².
Mon coefficient Hill est extrême. Est-ce que ça va ?
Il peut devenir instable lorsque vous avez peu de points, une plage de concentration étroite ou des valeurs aberrantes. Pensez à exclure des points, à élargir la plage ou à utiliser des contraintes.
Comment est calculé le pKd ?
Si votre unité x peut être convertie en molaire (M), pKd = -log10(Kd[M]). Pour les unités de concentration massique (par exemple, ng/mL), vous pouvez convertir si le poids moléculaire est connu.