كيفية الاستخدام (3 خطوات)
- حدد مثالاً أو أدخل الحجم المستهدف (حجم الجينوم / إجمالي المنطقة المستهدفة).
- أدخل عدد القراءة (PE/SE) أو العائد الإجمالي (Gb).
- يظهر متوسط العمق. اضبط العوامل أو استخدم الحساب العكسي إذا لزم الأمر.
هذا تقدير. التغطية الحقيقية ليست موحدة وتختلف باختلاف التكرارات وتحيز GC والتصميم والتحليل. تحقق مع توزيعات تغطية مراقبة الجودة.
المدخلات
—
حجم الهدف
يستخدم WGS حجم الجينوم؛ يستخدم Exome/Panel الحجم المستهدف الإجمالي (bp).
أمثلة: 3.2 جيجا بايت (WGS البشري تقريبًا) / 50 ميجا بايت (إكسوم بشري تقريبًا)
وضع الإدخال
العوامل (0-1)
يمكنك الاحتفاظ بالإعدادات الافتراضية للحصول على تقدير تقريبي.
—
خيارات
≥k× هو دليل يستند إلى Poisson ويفترض تغطية عشوائية موحدة. تختلف البيانات الحقيقية (على العمق العالي، يمكن استخدام التقريب العادي).
النتائج (متوسط العمق)
الحسابات المتوسطة (الأولية → القابلة للاستخدام → المعينة → على الهدف → الفريدة)
| خطوة | القواعد (وحدات السيارات) |
|---|
≥k× نسبة (دليل)
| العتبة | ف (العمق ≥ ك) |
|---|
يعتمد الدليل على Poisson بمتوسط عمق π (ليس نهائيًا بسبب التغطية غير الموحدة).
كيف يتم حسابها
- حساب القواعد الأولية من أعداد القراءة (PE/SE) أو العائد الإجمالي (Gb).
- قم بتطبيق المعدلات القابلة للاستخدام، ورسم الخرائط، والمستهدفة، والمكررة (نسخة واحدة) لتقدير القواعد المستهدفة الفريدة.
- متوسط العمق = Unique_on_target_bases / target_size.
- يمكن عرض ≥k× كدليل يستند إلى Poisson.
متوسط العمق مفيد، ولكن التوحيد أمر منفصل. تأكيد مع مراقبة الجودة توزيع التغطية.
الأسئلة الشائعة
كم عدد القراءات اللازمة لـ 30 × WGS؟
يعتمد ذلك على حجم الهدف، وطول القراءة، والعوامل (معدل التعيين، وما إلى ذلك). استخدم الحساب العكسي لشروطك.
ما هو المعدل المستهدف؟
جزء تقريبي من القراءات القابلة للاستخدام التي تهبط على المنطقة المستهدفة (تختلف حسب المجموعة/الشروط).
إذا كان متوسط العمق هو نفسه، فهل كل منطقة لها نفس العمق؟
لا، فالمتوسط هو مجرد متوسط، وتختلف التغطية الحقيقية. استخدم هذا كدليل.
هل نسبة ≥k× دقيقة؟
وهو دليل يستند إلى Poisson ويفترض تغطية عشوائية موحدة. تختلف البيانات الحقيقية.
الأدوات ذات الصلة
- DNA/RNA التركيز ↔ مول ↔ رقم النسخة
لإعداد المكتبة وتحويل المدخلات.
- qPCR حاسبة المنحنى القياسي
سير عمل مماثل للقياس الكمي (المعايير → المنحنى → معكوس).
التعليقات
اترك الأسئلة أو الطلبات أو التصحيحات في التعليقات.