使用方法(3步)
- 选择一个示例或输入引物序列(正向/反向)。
- 如果需要,调整方法和条件(Na+、引物浓度)。
- 显示了 Tm 和退火温度指南 (Ta)。
Tm 和 Ta 是向导。最终条件取决于试剂、仪器和模板质量;如果需要,使用梯度 PCR 进行优化。
输入(引物序列)
结果(Tm / Ta 指南)
使用方法
—
| 底漆 | 温度 | 长度 | 气相色谱% |
|---|---|---|---|
| 前进 | — | — | — |
| 反向 | — | — | — |
ΔTm
—
塔(导游)
—
搜索范围(Ta±3°C)
—
方法比较(参考)
| 底漆 | 最近邻 | 盐调节 | 华莱士 |
|---|
当存在 IUPAC 基(N/R/Y 等)时,不应用最近邻。
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计算方法
- 推荐(最近邻):总结二核苷酸热力学 (ΔH/ΔS) 并应用 Na+ 校正和引物浓度。
- 基本(盐调节):根据 GC%、长度和 Na+ 估算 Tm。
- 很简单(华莱士):根据 A/T 和 G/C 计数进行粗略估计(最适合短寡核苷酸)。
- 塔(导游):较低的 Tm 减去偏移量(默认 3°C),加上建议范围 (Ta ± 3°C)。
如果存在 IUPAC 基(N/R/Y 等),则不应用最近邻法并使用简单方法。
常见问题
什么是Tm(熔化温度)?
Tm 是大约一半 DNA 双链体变性的温度。它取决于长度、GC% 和盐条件。
退火温度应该如何选择?
该工具显示 Ta(较低的 Tm 减去偏移量)作为指导。需要时使用梯度 PCR 进行优化。
为什么有多个公式?
不同的公式做出不同的假设。最近邻更详细;简单的公式和华莱士可以快速估算。
盐浓度会影响Tm吗?
是的。较高的盐通常可以稳定双链体并提高 Tm。
如果正向/反向 Tm 相差很大怎么办?
大的 ΔTm 表明更宽的温度范围(梯度 PCR)或重新设计引物。
我的序列被发送到任何地方吗?
不会。所有计算都在您的浏览器中运行,并且不会发送任何数据。
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