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生物化学 曲线拟合

Kd 计算器:结合曲线拟合(一个位点/Hill)

根据结合数据估计 Kd(解离常数)。拟合一个位点(标准)或 Hill(协作性),比较模型 (AICc),显示平均值±SD 和残差,并根据需要排除异常值。

所有计算都在您的浏览器中运行;数据未发送。

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示例(预设)

选择一个示例来填写输入并立即查看结果。

描述
使用方法(3步)
  1. 粘贴浓度和响应(支持复制列)或导入 CSV/TSV 文件。
  2. 选择模型(自动/单站点/Hill)和单位。
  3. 显示 Kd、拟合曲线和拟合指标。

这是一个分析工具。不同软件的模型定义可能有所不同,因此请检查工作流程中使用的方程式和 Kd 定义(50% 点)。

输入(粘贴/CSV)

格式:col 1 = 浓度,col 2+ = 响应(rep1、rep2、...)。支持 TSV/CSV。

点排除(可选)
单击绘图上的点以排除/恢复(可撤消)
排除
行动

设置(最少需要)

高级(可选)

如果包含 0 浓度,则无法在 log10 轴上绘制它。该工具会在需要时切换显示(例如符号日志)。

结果

Kd(50% 点)
pKd (M)
型号
积分
均方根误差
AIC / AICc / BIC / /
Bmax(顶部−底部)
Hill n(仅限 Hill)
型号比较(自动)

地块

单击要排除/恢复的点(可撤消)

表(平均值±SD,预测,残差)

浓度 意思是 标清 y_hat 残渣 排除

参数

项目 估计 95% CI(启用时)

95% CI 是近似值(线性化)。当您的点很少或异常值时,不要过度信任它。

一个站点 / Hill 和 Kd(50% 分)

该工具使用单位点(标准)或 Hill(协同性)模型拟合结合曲线,并将与顶部和底部之间的中点(50% 点)相对应的浓度报告为 Kd。

拟合使用 Levenberg–Marquardt(非线性最小二乘法)。启用 SD 加权后,每个点按 1/SD 加权2.

方程(参考)

在这里,专注 x ≥ 0。

  • 一个站点(朗缪尔): y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)(n>0)

有了这个定义, x = Kd 对应于 50% 点(顶部和底部之间的中点)。

如果包含 0 浓度(对照),则无法在 log10 轴上绘制 0,因此该工具会调整显示(例如 symlog)。

常见问题

什么是 Kd (解离常数)?
在此工具中,Kd 定义为与结合曲线的 50% 点(顶部和底部之间的中点)相对应的浓度。较小的 Kd 通常被解释为较高的亲和力。
一个站点和 Hill 有什么区别?
一个站点假设标准的可饱和绑定,但没有协作性。 Hill 模型可以捕获协同性,并且当 Hill 系数 n 偏离 1 时非常有用。
自动模型选择是如何工作的?
该工具适用于一个站点和 Hill,并比较 AICc 等指标。如果差异很小,则首选更简单的单点模型通常更安全(如结果所示)。
我可以添加零浓度(对照)吗?
是的。拟合可以处理它,但无法在对数 x 轴上绘制 0,因此该工具会在需要时调整显示(例如符号日志)。
重复数据如何处理?
默认情况下,拟合使用每个浓度的平均值。 SD 用于误差线,您可以选择按 1/SD² 加权点。
My Hill coefficient is extreme.可以吗?
当点较少、浓度范围较窄或异常值时,它可能会变得不稳定。考虑排除点、扩大范围或使用约束。
pKd 是如何计算的?
如果您的 x 单位可以转换为摩尔 (M),则 pKd = -log10(Kd[M])。对于质量浓度单位(例如 ng/mL),如果分子量已知,则可以进行转换。