Como usar (3 passos)
- Selecione um exemplo ou insira o tamanho do alvo (tamanho do genoma/região alvo total).
- Insira a contagem de leituras (PE/SE) ou o rendimento total (Gb).
- A profundidade média aparece. Ajuste os fatores ou use o cálculo inverso, se necessário.
Esta é uma estimativa. A cobertura real não é uniforme e varia de acordo com duplicatas, viés de GC, design e análise. Verifique as distribuições de cobertura de CQ.
Entradas
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Tamanho alvo
WGS usa tamanho do genoma; Exome/Panel usa o tamanho total do alvo (pb).
Exemplos: 3,2 Gb (WGS humano aproximadamente) / 50 Mb (exoma humano aproximadamente)
Modo de entrada
Fatores (0–1)
Você pode manter os padrões para uma estimativa aproximada.
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Opções
≥k× é um guia baseado em Poisson assumindo cobertura aleatória uniforme. Os dados reais variam (em grandes profundidades, pode ser utilizada uma aproximação normal).
Resultados (profundidade média)
Cálculos intermediários (bruto → utilizável → mapeado → no alvo → único)
| passo | bases (unidades automáticas) |
|---|
proporção ≥k× (guia)
| limite | P(profundidade ≥ k) |
|---|
Guia baseado em Poisson com profundidade média λ (não definitivo devido à cobertura não uniforme).
Como é calculado
- Calcule raw_bases a partir de contagens de leitura (PE/SE) ou rendimento total (Gb).
- Aplique taxas utilizáveis, de mapeamento, no alvo e duplicadas (1 duplicata) para estimar bases únicas no alvo.
- Profundidade média = unique_on_target_bases / target_size.
- ≥k× pode ser mostrado como um guia baseado em Poisson.
A profundidade média é útil, mas a uniformidade é separada. Confirme com o controle de qualidade da distribuição de cobertura.
FAQ
Quantas leituras são necessárias para 30× WGS?
Depende do tamanho do alvo, comprimento da leitura e fatores (taxa de mapeamento, etc.). Use o cálculo inverso para suas condições.
Qual é a taxa alvo?
Uma fração aproximada de leituras utilizáveis que chegam à região alvo (varia de acordo com o kit/condições).
Se a profundidade média for a mesma, todas as regiões terão a mesma profundidade?
Não. A média é apenas uma média e a cobertura real varia. Use isso como um guia.
A proporção ≥k× é precisa?
É um guia baseado em Poisson assumindo cobertura aleatória uniforme. Os dados reais variam.
Ferramentas relacionadas
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