Página inicial / Ciência e engenharia / Biologia / Kd (curva de ligação)

← Biologia

Bioquímica Ajuste de curva

Calculadora Kd: ajuste da curva de ligação (um site / Hill)

Estime Kd (constante de dissociação) dos dados de ligação. Ajuste um site (padrão) ou Hill (cooperatividade), compare modelos (AICc), mostre média±DP e resíduos e exclua valores discrepantes, se necessário.

Todos os cálculos são executados no seu navegador; os dados não são enviados.

Outros idiomas ja | en | zh-CN | es | pt-BR | id | fr | hi-IN | ar

Exemplo (predefinido)

Escolha um exemplo para preencher as entradas e ver os resultados imediatamente.

Descrição
—
Como usar (3 passos)
  1. Cole concentração e resposta (colunas replicadas suportadas) ou importe um arquivo CSV/TSV.
  2. Selecione o modelo (automático/um site/Hill) e as unidades.
  3. Kd, curva ajustada e métricas de ajuste são mostradas.

Esta é uma ferramenta de análise. As definições de modelo podem diferir entre softwares, portanto verifique a equação e a definição Kd (ponto 50%) usada em seu fluxo de trabalho.

Entrada (colar / CSV)

Formato: col 1 = concentração, col 2+ = resposta (rep1, rep2,…). TSV/CSV suportado.

Exclusão de ponto (opcional)
Clique nos pontos do gráfico para excluir/restaurar (desfazer disponível)
Excluído
—
Ações

Configurações (mínimo necessário)

Avançado (opcional)

Se você incluir a concentração 0, ela não poderá ser desenhada em um eixo log10. A ferramenta alterna a exibição (por exemplo, symlog) quando necessário.

Resultados

Kd (50% ponto)
—
pKd (M)
—
Modelo—
Pontos—
R²—
REQM—
AIC/AICc/BIC— / — / —
Bmax (superior-inferior)—
Hill n (somente Hill)—
Comparação de modelos (automático)—

Parcelas

Clique nos pontos para excluir/restaurar (desfazer disponível)

Tabela (média±DP, previsto, resíduos)

Concentração significa SD e_chapéu residir Excluído

Parâmetros

Artigo Estimativa CI de 95% (quando ativado)

O IC de 95% é uma aproximação (linearização). Não confie demais quando tiver poucos pontos ou valores discrepantes.

Um site / Hill e Kd (50% ponto)

Esta ferramenta ajusta uma curva de ligação usando um modelo de um local (padrão) ou Hill (cooperatividade) e relata a concentração correspondente ao ponto médio entre o topo e o fundo (o ponto de 50%) como Kd.

O ajuste usa Levenberg – Marquardt (mínimos quadrados não lineares). Com a ponderação SD ativada, cada ponto é ponderado em 1/SD2.

Equações (referência)

Aqui, concentração x é ≥ 0.

  • um site （Langmuir）: y = bottom + (top-bottom) * x / (Kd + x)
  • Hill: y = bottom + (top-bottom) * x^n / (Kd^n + x^n)(n>0)

Com esta definição, x = Kd corresponde ao ponto 50% (ponto médio entre o topo e a base).

Se você incluir concentração 0 (controle), 0 não poderá ser desenhado em um eixo log10, então a ferramenta ajusta a exibição (por exemplo, symlog).

FAQ

O que é Kd (constante de dissociação)?
Nesta ferramenta, Kd é definido como a concentração correspondente ao ponto 50% da curva de ligação (ponto médio entre o topo e a base). Um Kd menor é frequentemente interpretado como maior afinidade.
Qual é a diferença entre um site e Hill?
Um site assume ligação saturável padrão sem cooperatividade. O modelo Hill pode capturar a cooperatividade e é útil quando o coeficiente n Hill se desvia de 1.
Como funciona a seleção automática de modelos?
A ferramenta se adapta a um site e Hill e compara métricas como AICc. Se a diferença for pequena, preferir o modelo mais simples de um local geralmente é mais seguro (mostrado nos resultados).
Posso incluir uma concentração zero (controle)?
Sim. O ajuste pode lidar com isso, mas 0 não pode ser desenhado em um eixo log x, então a ferramenta ajusta a exibição (por exemplo, symlog) quando necessário.
Como as réplicas são tratadas?
Por padrão, o ajuste utiliza a média em cada concentração. SD é usado para barras de erro e você pode opcionalmente ponderar pontos em 1/SD².
Meu coeficiente Hill é extremo. Tudo bem?
Pode se tornar instável quando você tem poucos pontos, uma faixa de concentração estreita ou valores discrepantes. Considere excluir pontos, ampliar o intervalo ou usar restrições.
Como o pKd é calculado?
Se sua unidade x puder ser convertida em molar (M), pKd = -log10(Kd[M]). Para unidades de concentração de massa (por exemplo, ng/mL), você pode converter se o peso molecular for conhecido.