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Biologia molecular Clonagem

DNA Calculadora de mistura de montagem (Gibson / Golden Gate)

Calcule a massa e o volume necessários de DNA a partir das proporções molares de estrutura/inserção para Gibson ou Golden Gate. Se forem fornecidas concentrações, são calculados os volumes e a água restante para a reação total.

Todos os cálculos são executados no seu navegador. Nenhum dado é enviado.

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Como usar (3 passos)

  1. Selecione um exemplo ou insira o comprimento do fragmento (bp) e a concentração (ng/μL) para backbone e inserções.
  2. Escolha a proporção molar (por exemplo, insere 2×) e a quantidade de espinha dorsal (pmol ou ng).
  3. A massa (ng) e o volume (µL) necessários, além de uma receita (mistura mestre/reagentes e água restante), serão exibidos.

Esta é uma calculadora de quantidade. As condições recomendadas variam de acordo com o kit e o protocolo, portanto siga o seu protocolo. Golden Gate predefinições de reagentes são exemplos apenas para cálculo.

Entradas (tabela de fragmentos)

—

As proporções molares refletem a contagem de moléculas. Comprimentos diferentes significam contagens diferentes de moléculas na mesma massa.
Detalhes (peso molecular por bp)
Use 660 g/mol/bp como valor aproximado para dsDNA.
Nome Função Comprimento (bp) Concentração (ng/µL) Ações
Colar TSV (opcional)

Colar do Excel/Planilhas (separado por guias).

Resultados

Água restante (µL)
—
Volume total de DNA (µL)
—
Massa total DNA (ng)
—
2× mixagem mestre volume (µL)
—
Fragmento Função Comprimento (bp) Alvo (pmol) Massa (ng) Volume (µL) Nota

Esta ferramenta calcula apenas valores. Não garante sucesso.

Como é calculado

  1. Como uma aproximação do dsDNA, pmol = (massa_ng × 1000) / (pb × 660).
  2. Defina a quantidade de backbone (pmol para Gibson, ng para Golden Gate) e calcule o pmol do backbone.
  3. Cada destino de inserção é insert_target_pmol = backbone_pmol × proporção, depois convertido em massa (ng).
  4. Se a concentração (ng/µL) for conhecida, volume = massa / concentração dá volume (µL).
  5. A água restante é calculada a partir do volume total de reação menos a mistura principal/reagentes e o volume DNA.

Os valores são guias. Siga seu kit/protocolo para condições finais.

FAQ

Qual é a diferença entre Gibson e Golden Gate?
Ambos montam fragmentos DNA, mas os mecanismos de reação e as enzimas são diferentes. Esta ferramenta calcula quanto DNA misturar.
Por que usar razões molares?
Fragmentos de comprimentos diferentes têm contagens de moléculas diferentes na mesma massa. As proporções molares mantêm a contagem de moléculas consistente.
Quais proporções são comumente usadas?
Como regra geral, as inserções costumam ser 2× ou 3× a espinha dorsal. Depende da montagem e deve ser testado.
Posso usar isso sem valores de concentração?
Sim. Você ainda pode calcular a massa necessária (ng). Os volumes (µL) são mostrados apenas quando as concentrações são fornecidas.
Meus volumes são extremamente pequenos (por exemplo, 0,1 μL).
Volumes muito pequenos são propensos a erros. Considere diluições intermediárias ou ajuste a quantidade de backbone e o volume de reação.
Posso usar as predefinições de reagentes Golden Gate como estão?
Os volumes de reagentes dependem do kit e do protocolo. As predefinições são exemplos apenas para cálculo; siga seu protocolo.
Esses valores garantirão o sucesso?
Não. Esta ferramenta apenas calcula valores. O sucesso depende do design, da qualidade DNA e das condições de reação.