Comment utiliser (3 étapes)
- Sélectionnez un exemple ou entrez des séquences d’amorces (Forward/Reverse).
- Ajuster la méthode et les conditions (Na+, concentration d’amorce) si nécessaire.
- Tm et le guide de température de recuit (Ta) sont affichés.
Tm et Ta sont des guides. Les conditions finales dépendent de la qualité des réactifs, de l'instrument et du modèle ; optimisez avec le dégradé PCR si nécessaire.
Entrées (séquences d'amorces)
Résultats (guide Tm/Ta)
| Apprêt | Tm | Longueur | % de CG |
|---|---|---|---|
| En avant | — | — | — |
| Inverser | — | — | — |
Comparaison des méthodes (référence)
| Apprêt | Voisin le plus proche | Ajusté au sel | Wallace |
|---|
Le voisin le plus proche n'est pas appliqué lorsque les bases IUPAC (N/R/Y, etc.) sont présentes.
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Comment c'est calculé
- Recommandé (voisin le plus proche): additionne la thermodynamique des dinucléotides (ΔH/ΔS) et applique la correction Na+ et la concentration d'amorce.
- Basique (ajusté en sel): estime Tm à partir de GC%, de la longueur et de Na+.
- Très simple (Wallace): estimation approximative à partir des comptes A/T et G/C (idéal pour les oligos courts).
- Ta (guide): Tm inférieure moins le décalage (par défaut 3°C), plus une plage suggérée (Ta ± 3°C).
Si des bases IUPAC (N/R/Y, etc.) sont présentes, le voisin le plus proche n'est pas appliqué et une méthode simple est utilisée.
FAQ
Quelle est la Tm (température de fusion) ?
Tm est la température à laquelle environ la moitié d'un duplex DNA est dénaturée. Cela dépend de la longueur, du GC% et des conditions de sel.
Comment choisir la température de recuit ?
Cet outil montre Ta (Tm inférieur moins décalage) à titre indicatif. Optimisez avec le dégradé PCR si nécessaire.
Pourquoi y a-t-il plusieurs formules ?
Différentes formules font différentes hypothèses. Le voisin le plus proche est plus détaillé ; des formules simples et Wallace sont des estimations rapides.
La concentration en sel affecte-t-elle la Tm ?
Oui. Un sel plus élevé stabilise généralement les duplex et augmente la Tm.
Que se passe-t-il si les Tm avant/arrière diffèrent beaucoup ?
Un ΔTm élevé suggère une plage de température plus large (gradient PCR) ou une refonte des amorces.
Mes séquences sont-elles envoyées n'importe où ?
Non. Tous les calculs s’exécutent dans votre navigateur et aucune donnée n’est envoyée.
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Commentaires
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