Comment utiliser (3 étapes)
- Sélectionnez un exemple ou entrez la taille cible (taille du génome / région cible totale).
- Saisissez le nombre de lectures (PE/SE) ou le rendement total (Go).
- La profondeur moyenne apparaît. Ajustez les facteurs ou utilisez le calcul inverse si nécessaire.
Ceci est une estimation. La couverture réelle n'est pas uniforme et varie en fonction des doublons, du biais du GC, de la conception et de l'analyse. Vérifiez auprès des distributions de couverture QC.
Entrées
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Taille cible
WGS utilise la taille du génome ; Exome/Panel utilise la taille totale de la cible (pb).
Exemples : 3,2 Go (WGS humain environ) / 50 Mo (exome humain environ)
Mode de saisie
Facteurs (0-1)
Vous pouvez conserver les valeurs par défaut pour une estimation approximative.
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Possibilités
≥k× est un guide basé sur Poisson supposant une couverture aléatoire uniforme. Les données réelles varient (à grande profondeur, une approximation normale peut être utilisée).
Résultats (profondeur moyenne)
Calculs intermédiaires (bruts → utilisables → cartographiés → sur cible → uniques)
| étape | bases (unités automatiques) |
|---|
Proportion ≥k× (guide)
| seuil | P(profondeur ≥ k) |
|---|
Guide basé sur Poisson de profondeur moyenne λ (non définitif car couverture non uniforme).
Comment c'est calculé
- Calculez les raw_bases à partir du nombre de lectures (PE/SE) ou du rendement total (Go).
- Appliquez des taux d'utilisable, de cartographie, de cible et de duplication (1 double) pour estimer des bases uniques sur la cible.
- Profondeur moyenne = unique_on_target_bases / target_size.
- ≥k× peut être affiché sous forme de guide basé sur Poisson.
La profondeur moyenne est utile, mais l'uniformité est une autre affaire. Confirmez avec le QC de distribution de la couverture.
FAQ
Combien de lectures sont nécessaires pour 30× WGS ?
Cela dépend de la taille de la cible, de la longueur de lecture et de facteurs (taux de mappage, etc.). Utilisez le calcul inverse pour vos conditions.
Quel est le taux cible ?
Une fraction approximative des lectures utilisables qui atterrissent sur la région cible (varie selon le kit/conditions).
Si la profondeur moyenne est la même, chaque région a-t-elle la même profondeur ?
Non. La moyenne n’est qu’une moyenne et la couverture réelle varie. Utilisez-le comme guide.
La proportion ≥k× est-elle exacte ?
Il s'agit d'un guide basé sur Poisson supposant une couverture aléatoire uniforme. Les données réelles varient.
Outils associés
- DNA/RNA concentration ↔ mol ↔ nombre de copies
Pour la préparation de la bibliothèque et la conversion des entrées.
- qPCR calculateur de courbe standard
Workflow de quantification similaire (étalons → courbe → inverse).
Commentaires
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