Cara menggunakan (3 langkah)
- Pilih contoh atau masukkan urutan primer (Maju/Mundur).
- Sesuaikan metode dan kondisi (Na+, konsentrasi primer) jika diperlukan.
- Tm dan panduan suhu anil (Ta) ditampilkan.
Tm dan Ta adalah pemandu. Kondisi akhir bergantung pada kualitas reagen, instrumen, dan templat; optimalkan dengan gradien PCR jika diperlukan.
Input (urutan primer)
Hasil (panduan Tm / Ta)
| Dasar | Tm | Panjangnya | GC% |
|---|---|---|---|
| Maju | — | — | — |
| Terbalik | — | — | — |
Perbandingan metode (referensi)
| Dasar | Tetangga terdekat | Disesuaikan dengan garam | Wallace |
|---|
Tetangga terdekat tidak diterapkan ketika basis IUPAC (N/R/Y, dll.) ada.
Bagikan URL / ekspor
Bagaimana cara menghitungnya
- Direkomendasikan (tetangga terdekat): menjumlahkan termodinamika dinukleotida (ΔH/ΔS) dan menerapkan koreksi Na+ dan konsentrasi primer.
- Dasar (disesuaikan garam): memperkirakan Tm dari GC%, panjang, dan Na+.
- Sangat sederhana (Wallace): perkiraan kasar dari jumlah A/T dan G/C (terbaik untuk oligo pendek).
- Ta (pemandu): Tm lebih rendah dikurangi offset (default 3°C), ditambah kisaran yang disarankan (Ta ± 3°C).
Jika terdapat basis IUPAC (N/R/Y, dll.), maka tetangga terdekat tidak diterapkan dan metode sederhana digunakan.
FAQ
Berapa Tm (suhu leleh)?
Tm adalah suhu di mana kira-kira setengah dari duplex DNA didenaturasi. Tergantung pada panjang, GC%, dan kondisi garam.
Bagaimana cara memilih suhu anil?
Alat ini menunjukkan Ta (offset minus Tm bawah) sebagai panduan. Optimalkan dengan gradien PCR bila diperlukan.
Mengapa ada banyak rumus?
Rumus yang berbeda menghasilkan asumsi yang berbeda pula. Tetangga terdekat lebih detail; rumus sederhana dan Wallace adalah perkiraan cepat.
Apakah konsentrasi garam mempengaruhi Tm?
Ya. Garam yang lebih tinggi biasanya menstabilkan dupleks dan meningkatkan Tm.
Bagaimana jika Tm Maju/Mundur jauh berbeda?
ΔTm yang besar menunjukkan rentang suhu yang lebih luas (gradien PCR) atau desain ulang primer.
Apakah urutan saya dikirim ke mana saja?
Tidak. Semua penghitungan dijalankan di browser Anda dan tidak ada data yang dikirim.
Alat terkait
Umpan balik
Jika Anda menemukan masalah atau menginginkan fitur, beri tahu kami.