Cara menggunakan (3 langkah)
- Pilih contoh atau masukkan ukuran target (ukuran genom/total wilayah target).
- Masukkan jumlah baca (PE/SE) atau total hasil (Gb).
- Kedalaman rata-rata muncul. Sesuaikan faktor atau gunakan perhitungan terbalik jika diperlukan.
Ini adalah perkiraan. Cakupan sebenarnya tidak seragam dan bervariasi berdasarkan duplikat, bias GC, desain, dan analisis. Verifikasi dengan distribusi cakupan QC.
masukan
—
Ukuran sasaran
WGS menggunakan ukuran genom; Exome/Panel menggunakan ukuran target total (bp).
Contoh: 3,2 Gb (kira-kira WGS manusia) / 50 Mb (kira-kira exome manusia)
Modus masukan
Faktor (0–1)
Anda dapat mempertahankan default untuk perkiraan kasar.
—
Pilihan
≥k× adalah panduan berbasis Poisson dengan asumsi cakupan acak seragam. Data sebenarnya bervariasi (pada kedalaman yang tinggi, perkiraan normal dapat digunakan).
Hasil (kedalaman rata-rata)
Perhitungan menengah (mentah → dapat digunakan → dipetakan → sesuai target → unik)
| langkah | pangkalan (unit mobil) |
|---|
≥k× proporsi (panduan)
| ambang batas | P(kedalaman ≥ k) |
|---|
Panduan berdasarkan Poisson dengan kedalaman rata-rata λ (tidak pasti karena cakupannya tidak seragam).
Bagaimana cara menghitungnya
- Hitung raw_bases dari jumlah baca (PE/SE) atau total hasil (Gb).
- Terapkan tingkat yang dapat digunakan, pemetaan, sesuai target, dan duplikat (1-duplikat) untuk memperkirakan basis unik sesuai target.
- Kedalaman rata-rata = Unique_on_target_bases / target_size.
- ≥k× dapat ditampilkan sebagai panduan berbasis Poisson.
Kedalaman rata-rata berguna, tetapi keseragaman merupakan hal yang terpisah. Konfirmasikan dengan QC distribusi cakupan.
FAQ
Berapa banyak bacaan yang dibutuhkan untuk 30× WGS?
Hal ini bergantung pada ukuran target, panjang pembacaan, dan faktor (kecepatan pemetaan, dll.). Gunakan perhitungan terbalik untuk kondisi Anda.
Berapa tarif yang sesuai target?
Sebagian kecil dari data yang dapat digunakan menyatakan bahwa tanah tersebut berada di wilayah target (bervariasi berdasarkan perangkat/kondisi).
Jika rata-rata kedalamannya sama, apakah setiap daerah mempunyai kedalaman yang sama?
Tidak. Rata-rata hanyalah rata-rata, dan cakupan sebenarnya bervariasi. Gunakan ini sebagai panduan.
Apakah proporsi ≥k× akurat?
Ini adalah panduan berbasis Poisson dengan asumsi cakupan acak seragam. Data sebenarnya bervariasi.
Alat terkait
- DNA/RNA konsentrasi ↔ mol ↔ nomor salinan
Untuk persiapan perpustakaan dan konversi masukan.
- qPCR kalkulator kurva standar
Alur kerja kuantifikasi serupa (standar → kurva → terbalik).
Komentar
Tinggalkan pertanyaan, permintaan, atau koreksi di komentar.