Comment utiliser (3 étapes)
- Choisissez un exemple, ou collez une table OTU/ASV (ou importez un fichier CSV/TSV).
- Sélectionnez une métrique (Jaccard / Bray – Curtis) et un prétraitement (abondance relative, etc.).
- Examinez la matrice de distance, la carte thermique et le PCoA (exportez CSV/PNG si nécessaire).
La diversité bêta est utile pour l'exploration et la visualisation, mais les conclusions statistiques nécessitent des analyses supplémentaires (tests ou modélisation).
Entrée
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Métrique et prétraitement
Si les profondeurs des échantillons diffèrent, essayez « Abondance relative ».
Groupes d'échantillons (facultatif : points de couleur dans PCoA)
Deux colonnes : échantillon, groupe (l'en-tête est facultatif).
Résultats
Cet outil est destiné à l’exploration et à l’apprentissage. Il ne revendique pas de signification statistique.
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Partager et exporter
Le partage URL restaure uniquement les paramètres (les données d'entrée ne sont pas incluses). Pour enregistrer également les entrées, utilisez l'exportation JSON.
Matrice de distance
Carte thermique
PCoA (2D)
Jaccard contre Bray-Curtis
- Jaccard compare uniquement la présence/absence.
- Bray-Curtis utilise également les abondances (comptes ou abondance relative).
Bray – Curtis peut être affecté par la taille de la bibliothèque (profondeur de l'échantillon). Si nécessaire, comparez les dénombrements et l’abondance relative.
Équations (référence)
- Jaccard distance :
d = 1 - |A∩B| / |A∪B| - Différence Bray-Curtis :
d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)
Ici, A et B sont des ensembles de caractéristiques observées, et xᵢ/yᵢ sont des valeurs de caractéristiques (abondance relative ou nombres). Les directions des axes sont arbitraires, donc inverser le tracé PCoA ne change pas la signification.
FAQ
Qu’est-ce que la diversité bêta ?
Une façon de décrire à quel point les échantillons sont différents les uns des autres sous forme de distance (dissimilitude). Plus petit signifie plus semblable ; plus grand signifie plus différent.
Quelle est la différence entre Jaccard et Bray-Curtis ?
Jaccard compare uniquement la présence/absence. Bray – Curtis utilise également les abondances (comptes ou abondance relative).
Qu’est-ce que la PCoA ?
Une méthode qui place des échantillons en 2D en fonction de la matrice de distance (analyse des coordonnées principales). La direction de l’axe est arbitraire, donc l’inversion ne change pas la signification.
Puis-je revendiquer une signification statistique à partir de ce seul résultat ?
Non. La diversité bêta est utile pour l’exploration et la visualisation, mais les tests statistiques nécessitent des analyses supplémentaires.
Outils associés
- Vérifiez d'abord la diversité au sein de l'échantillon (diversité alpha) → Calculateur d'indice de diversité (Shannon / Simpson)
- Développer une intuition sur la taille et la dérive de la population → Simulateur de dérive génétique (Wright–Fisher)
Commentaires
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