使用方法(3步)
- 选择一个示例,或粘贴 OTU/ASV 表(或导入 CSV/TSV 文件)。
- 选择一个指标(Jaccard / Bray–Curtis)和预处理(相对丰度等)。
- 查看距离矩阵、热图和 PCoA(如果需要,导出 CSV/PNG)。
Beta 多样性对于探索和可视化很有用,但统计结论需要额外的分析(测试或建模)。
输入
—
度量和预处理
如果样本深度不同,请尝试“相对丰度”。
样本组(可选:PCoA 中的色点)
两列:样本、组(标题是可选的)。
结果
该工具用于探索和学习。它并不声称具有统计学意义。
—
分享和导出
共享 URL 仅恢复设置(不包括输入数据)。要保存输入,请使用 JSON 导出。
距离矩阵
热图
PCoA (2D)
Jaccard VS 布雷-柯蒂斯
- Jaccard 仅比较存在/不存在。
- 布雷-柯蒂斯 还使用丰度(计数或相对丰度)。
Bray-Curtis 可能会受到文库大小(样本深度)的影响。如果需要,比较计数和相对丰度。
方程(参考)
- Jaccard 距离:
d = 1 - |A∩B| / |A∪B| - 布雷-柯蒂斯差异:
d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)
这里,A 和 B 是观察到的特征集,xᵢ/yᵢ 是特征值(相对丰度或计数)。轴方向是任意的,因此翻转 PCoA 图不会改变含义。
常见问题
什么是贝塔多样性?
一种将不同样本之间的差异描述为距离(相异性)的方法。越小意味着越相似;越大意味着越不同。
Jaccard 和布雷-柯蒂斯之间有什么区别?
Jaccard 仅比较存在/不存在。布雷-柯蒂斯还使用丰度(计数或相对丰度)。
什么是PCoA?
一种基于距离矩阵(主坐标分析)以二维方式放置样本的方法。轴方向是任意的,因此翻转不会改变含义。
我可以仅凭这个结果就断言统计显着性吗?
不会。 Beta 多样性对于探索和可视化很有用,但统计测试需要额外的分析。
相关工具
- 首先检查样本内多样性(α 多样性)→ 多样性指数计算器 (Shannon / Simpson)
- 建立对人口规模和漂移的直觉 → 遗传漂变模拟器 (Wright–Fisher)
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