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生态学 进化论

Beta 多样性计算器 (Jaccard / Bray–Curtis):比较样本

使用 Jaccard(存在/不存在)或 Bray–Curtis(丰度)将样本间差异(β 多样性)计算为距离矩阵。粘贴 OTU/ASV 表或导入 CSV,然后使用热图和 PCoA (2D) 探索结果。

所有计算都在您的浏览器中运行;数据未发送。

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使用方法(3步)

  1. 选择一个示例,或粘贴 OTU/ASV 表(或导入 CSV/TSV 文件)。
  2. 选择一个指标(Jaccard / Bray–Curtis)和预处理(相对丰度等)。
  3. 查看距离矩阵、热图和 PCoA(如果需要,导出 CSV/PNG)。

Beta 多样性对于探索和可视化很有用,但统计结论需要额外的分析(测试或建模)。

输入

度量和预处理

如果样本深度不同,请尝试“相对丰度”。

样本组(可选:PCoA 中的色点)

两列:样本、组(标题是可选的)。

结果

该工具用于探索和学习。它并不声称具有统计学意义。

分享和导出

共享 URL 仅恢复设置(不包括输入数据)。要保存输入,请使用 JSON 导出。

距离矩阵

热图

PCoA (2D)

Jaccard VS 布雷-柯蒂斯

Bray-Curtis 可能会受到文库大小(样本深度)的影响。如果需要,比较计数和相对丰度。

方程(参考)
  • Jaccard 距离: d = 1 - |A∩B| / |A∪B|
  • 布雷-柯蒂斯差异: d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)

这里,A 和 B 是观察到的特征集,xᵢ/yᵢ 是特征值(相对丰度或计数)。轴方向是任意的,因此翻转 PCoA 图不会改变含义。

常见问题

什么是贝塔多样性?

一种将不同样本之间的差异描述为距离(相异性)的方法。越小意味着越相似;越大意味着越不同。

Jaccard 和布雷-柯蒂斯之间有什么区别?

Jaccard 仅比较存在/不存在。布雷-柯蒂斯还使用丰度(计数或相对丰度)。

什么是PCoA?

一种基于距离矩阵(主坐标分析)以二维方式放置样本的方法。轴方向是任意的,因此翻转不会改变含义。

我可以仅凭这个结果就断言统计显着性吗?

不会。 Beta 多样性对于探索和可视化很有用,但统计测试需要额外的分析。

评论

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