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NGS 実務

NGSライブラリー濃度(ng/µL→nM)換算・希釈・プーリング計算

NGSライブラリーの濃度を、ng/µLと平均フラグメント長(bp)からnMに換算し、目標nMへの希釈(濃度をそろえる)とプーリング(等量/等モル混合)まで一括で計算します。複数サンプルの表入力・例題・結果コピーにも対応します。

計算はすべてブラウザ内で行われ、データは送信されません。

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使い方(3ステップ)

  1. 例題を選ぶか、ライブラリー濃度(ng/µLまたはnM)と断片長(bp)を入力します。
  2. 目標nMと仕上げ体積を選び、希釈レシピ(stockと水)を確認します。
  3. プーリング方法を選び、各ライブラリーの投入量とプール濃度の目安を確認します。

nM換算は、断片長や分子量係数、定量方法の定義によって変わることがあります。ここでは計算を素早く行うための“目安”として使い、最終判断は機器/試薬の手順に従ってください。

入力(ライブラリー表)

Excel/スプレッドシートからコピーしてそのまま貼り付けできます(タブ/カンマ区切り対応)。列例:name, ng_per_uL, length_bp, nM(列名は多少ゆれてもOK)。

名前 入力モード ng/µL 断片長(bp/nt) nM 濃度(nM) 操作

表は横スクロールできます(左右にスワイプ/ドラッグ)。

分子種(dsDNAなど)

NGSは通常dsDNA(660 g/mol/bp)が目安です。定量法や定義で値は変わることがあります。

正規化(希釈で濃度をそろえる)

プーリング

結果(換算・希釈・プール)

名前 stock(nM) 希釈:stock(µL) 希釈:水(µL) プール投入(µL)

計算の流れ(How it’s calculated)

※換算は断片長や分子量係数、測定法の定義で変わることがあります。ここでは計算を素早く行うための“目安”として使ってください。

よくある質問(FAQ)

ng/µLからnMへの換算は何に使いますか?

ライブラリー濃度を“分子数ベース”でそろえて、等モルでプーリングしたいときに使います(等量=質量ベースとは別です)。

断片長(bp)はどこを見ればいいですか?

Bioanalyzer/TapeStation等の平均サイズ(bp)の目安を入力します。アダプター込み/なしは、測定レポートの定義に合わせて統一してください。

等量プールと等モルプールの違いは?

等量はngなど“質量”をそろえること、等モルはnMなど“分子数”をそろえることです。断片長が違うと、等量でも分子数は揃いません。

「濃度をそろえる(ノーマライゼーション)」とは?

すべてのライブラリーを同じnMに希釈してから、同じ体積だけ取って混ぜる方法です。初心者にはこの流れが分かりやすいので、このツールではおすすめとして用意します。

計算結果の希釈量が0.2 µLなど小さすぎます。

分注誤差が大きくなるので、中間希釈(いったん薄めてから希釈する)や最終体積の調整を検討してください。

qPCRでnM(またはpM)として出た値でも使えますか?

使えます。nMを直接入力するモードを用意します。ただし定量法によって“有効分子”の定義が変わる点には注意してください(ここでは計算を行います)。

プール後の濃度(nM)は必ずこの通りになりますか?

目安です。定量誤差やピペット誤差、断片長のばらつきで変わります。最終は手順に従って確認してください。

コメント

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