Kalkulator keanekaragaman beta (Jaccard / Bray–Curtis) | Matriks jarak & PCoA

Cara menggunakan (3 langkah)

Pilih contoh, atau tempel tabel OTU/ASV (atau impor file CSV/TSV).
Pilih metrik (Jaccard / Bray–Curtis) dan prapemrosesan (kelimpahan relatif, dll.).
Tinjau matriks jarak, peta panas, dan PCoA (ekspor CSV/PNG jika diperlukan).

Keanekaragaman beta berguna untuk eksplorasi dan visualisasi, namun kesimpulan statistik memerlukan analisis tambahan (pengujian atau pemodelan).

Masukan

Contoh (yang telah ditetapkan)

—

Data (tempel TSV/CSV)

Impor file CSV/TSV

Format masukan

Pangkas baris/kolom kosong Hapus semua fitur nol (disarankan)

Metrik & prapemrosesan

Metrik

Pemrosesan awal

Jika kedalaman sampel berbeda, coba “Kelimpahan relatif”.

Transformasi (lanjutan)

Ambang batas kehadiran

Keluaran

Kelompok sampel (opsional: titik warna di PCoA)

Dua kolom: sampel, grup (tajuk bersifat opsional).

Impor grup CSV

Hasil

Alat ini untuk eksplorasi dan pembelajaran. Hal ini tidak mengklaim signifikansi statistik.

—

Bagikan & ekspor

Bagian URL hanya memulihkan pengaturan (data input tidak termasuk). Untuk menyimpan input juga, gunakan ekspor JSON.

Matriks jarak

Peta panas

PCoA (2D)

Jaccard vs Bray–Curtis

Jaccard hanya membandingkan ada/tidaknya.
Bray–Curtis juga menggunakan kelimpahan (hitungan atau kelimpahan relatif).

Bray–Curtis dapat dipengaruhi oleh ukuran perpustakaan (kedalaman sampel). Jika perlu, bandingkan jumlah dan kelimpahan relatifnya.

Persamaan (referensi)

Jaccard jarak: d = 1 - |A∩B| / |A∪B|
Ketidaksamaan Bray – Curtis: d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)

Di sini, A dan B adalah kumpulan fitur yang diamati, dan xᵢ/yᵢ adalah nilai fitur (kelimpahan atau jumlah relatif). Arah sumbu bersifat arbitrer, jadi membalik plot PCoA tidak mengubah maknanya.

FAQ

Apa itu keanekaragaman beta?

Suatu cara untuk menggambarkan betapa berbedanya sampel satu sama lain sebagai jarak (ketidaksamaan). Lebih kecil berarti lebih mirip; lebih besar berarti lebih berbeda.

Apa perbedaan antara Jaccard dan Bray–Curtis?

Jaccard hanya membandingkan ada/tidaknya. Bray – Curtis juga menggunakan kelimpahan (hitungan atau kelimpahan relatif).

Apa itu PCoA?

Suatu metode yang menempatkan sampel dalam 2D berdasarkan matriks jarak (analisis koordinat utama). Arah sumbunya sewenang-wenang, jadi membaliknya tidak mengubah maknanya.

Bisakah saya mengklaim signifikansi statistik hanya dari hasil ini?

Tidak. Keanekaragaman beta berguna untuk eksplorasi dan visualisasi, namun pengujian statistik memerlukan analisis tambahan.

Periksa keragaman dalam sampel (keberagaman alfa) terlebih dahulu → Kalkulator indeks keanekaragaman (Shannon / Simpson)
Bangun intuisi untuk ukuran dan pergeseran populasi → Simulator penyimpangan genetik (Wright–Fisher)

Komentar

Jika Anda menemukan masalah atau punya saran, silakan tinggalkan komentar (tidak ada formulir anonim).