Como usar (3 passos)
- Escolha um exemplo ou cole uma tabela OTU/ASV (ou importe um arquivo CSV/TSV).
- Selecione uma métrica (Jaccard / Bray–Curtis) e pré-processamento (abundância relativa, etc.).
- Revise a matriz de distância, mapa de calor e PCoA (exporte CSV/PNG se necessário).
A diversidade beta é útil para exploração e visualização, mas as conclusões estatísticas requerem análises adicionais (testes ou modelagem).
Entrada
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Métrica e pré-processamento
Se as profundidades das amostras forem diferentes, tente “Abundância relativa”.
Grupos de amostras (opcional: pontos coloridos em PCoA)
Duas colunas: amostra, grupo (o cabeçalho é opcional).
Resultados
Esta ferramenta é para exploração e aprendizagem. Não reivindica significância estatística.
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Compartilhar e exportar
O compartilhamento URL restaura apenas as configurações (os dados de entrada não estão incluídos). Para salvar entradas também, use JSON export.
Matriz de distância
Mapa de calor
PCoA (2D)
Jaccard contra Bray-Curtis
- Jaccard compara apenas presença/ausência.
- Bray-Curtis também usa abundâncias (contagens ou abundância relativa).
Bray – Curtis pode ser afetado pelo tamanho da biblioteca (profundidade da amostra). Se necessário, compare as contagens e a abundância relativa.
Equações (referência)
- Jaccard distância:
d = 1 - |A∩B| / |A∪B| - Dissimilaridade de Bray-Curtis:
d = Σ|xᵢ - yᵢ| / Σ(xᵢ + yᵢ)
Aqui, A e B são conjuntos de características observadas e xᵢ/yᵢ são valores de características (abundância relativa ou contagens). As direções dos eixos são arbitrárias, portanto, inverter o gráfico PCoA não altera o significado.
FAQ
O que é diversidade beta?
Uma forma de descrever quão diferentes as amostras são umas das outras como uma distância (dissimilaridade). Menor significa mais semelhante; maior significa mais diferente.
Qual é a diferença entre Jaccard e Bray – Curtis?
Jaccard compara apenas presença/ausência. Bray – Curtis também usa abundâncias (contagens ou abundância relativa).
O que é PCoA?
Um método que coloca amostras em 2D com base na matriz de distância (análise de coordenadas principais). A direção do eixo é arbitrária, portanto a inversão não altera o significado.
Posso reivindicar significância estatística apenas com base neste resultado?
Não. A diversidade beta é útil para exploração e visualização, mas os testes estatísticos requerem análises adicionais.
Ferramentas relacionadas
- Verifique primeiro a diversidade dentro da amostra (diversidade alfa) → Calculadora de índice de diversidade (Shannon / Simpson)
- Construa intuição sobre o tamanho e a deriva da população → Simulador de deriva genética (Wright–Fisher)
Comentários
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